Всё литературное наследие Н.Ф. Красносельцева исследователи делят на три неравные группы сочинений: 1) по церковной археологии; 2) по истории богослужения; 3) исторические и историко-литературные (о содержании работ Н.Ф. Красносельцева писали А.А. Дмитриевский, А.И. Алмазов и И.С. Бердников). Широкий спектр исследований исследователи объясняют тем, что Н.Ф. Красносельцеву пришлось трижды «менять» свою специализацию, тем не менее, он плодотворно занимался церковной археологией, литургикой и историей церкви. В качестве вдумчивого и талантливого исследователя он заявил о себе в магистерской диссертации, посвящённой вопросам истории и организации западных миссий среди татарского населения. На материале источников Н.Ф. Красносельцев дал характеристику средневековым западным миссиям и в Новое время. Работу высоко оценило академическое начальство, и она была напечатана за казённый счёт (Национальный архив Республики Татарстан). Среди исследований по церковной археологии внимание исследователей привлекает ряд статей, опубликованных Н.Ф. Красносельцевым в журнале «Православный собеседник» в 1874–1880 гг. и объединённых в 1881 г. в книгу под названием «Очерки из истории христианского храма. Выпуск 1: Архитектура и внутреннее расположение христианских храмов до Юстиниана». В этой работе Н.Ф. Красносельцев указал на самобытный характер христианской архитектуры, отметил, что на развитие храмовой архитектуры влияли как внутренние потребности, так и богослужение. Монографии «О происхождении христианского храма» (1880 г.), написанная по поводу новых работ Николая Васильевича Покровского и Фёдора Фёдоровича Рихтера (Научно-исследовательский отдел рукописей Российской государственной библиотеки), «Очерки древнего христианского искусства по памятникам подземного мира» и «Барельефы древнехристианских саркофагов» носят, по мнению исследователей, во многом компилятивный характер и представляют собой популярное изложение работ Джованни Баттиста де Росси и Эдмунда Леблана. По материалам, собранным во время поездки в Италию в 1881/1882 учебном году, Н.Ф. Красносельцев подготовил две статьи, посвящённые древнехристианским римским усыпальницам и римскому храму во имя св. Климента. К этим статьям примыкает работа по топографии Константинополя и, в частности, описание местоположения Халкопратийского храма. Наибольшую известность Н.Ф. Красносельцев приобрёл благодаря работам в области истории богослужения. Он считал, что для должного развития литургики как науки, для построения целостной картины истории богослужения, необходимо комплексное изучение обширного рукописного материала, сконцентрированного, в основном, в библиотеках православного Востока и на Западе. Поэтому каждое своё научное исследование он строил на изучении большого числа источников. Сначала работал с рукописями Соловецкого собрания, которые хранились в библиотеке Казанской духовной академии, затем Н.Ф. Красносельцев всё чаще стал привлекать для работы рукописные материалы петербургских и московских библиотек, либо посещая их, либо заказывая рукописи через Совет академии или университета.