Автору Жития Корнилия рассказывал о двух раскаявшихся монахах, намеревавшихся его убить. Они спрятались под мостом через реку Нурму, подстерегая игумена, имевшего обыкновение ходить на монастырское поле и наблюдать за работами. Увидев Корнилия в сопровождении множества людей, злоумышленники покинули укрытие и побежали на поле. Спустя некоторое время туда пришёл игумен, однако совершенно один. Так повторялось несколько раз, наконец, иноки поняли, что чудесная сила защищает святого. В один из дней в лесу в безветренную погоду на Корнилия внезапно упало дерево. Когда чудом выживший настоятель спустя 12 недель пришёл на поле проверить работу «делателей», то внезапно упал с крутого склона и заболел ещё сильнее. В другой раз настоятель вместе с иноками жёг в лесу хворост, попал в огненное кольцо и едва не задохнулся в дыму. Тогда Корнилий оставил обитель 12 монастырским старцам и удалился с близкими учениками на Сурское озеро, расположенное в 70 верстах к юго-востоку от монастыря. В Житии Геннадия Костромского сообщается, что Корнилий вместе с Геннадием покинул обитель из-за ропота и непослушания братии. Как сказано в Житии Корнилий, слухи о нестроениях в монастыре «до самого державного доидоша нань». Зимой 1528/1529 гг. великий князь Василий III Иванович совершал паломничество по заволжским монастырям, где молился «чудотворцам» о даровании сына. Он побывал в Корнилиевом монастыре; исследователи полагают, что тогда обители была пожалована грамота 1529 г., согласно которой монастырь получал каждый год от вологодских таможенников по 5 руб. «на рыбу» («Институт российской истории», том 4). Василий III Иванович вызвал святого из пустыни, Корнилий встретился с ним в Вологде. На обратном пути в Москву великий князь вторично посетил Корнилиев монастырь, Корнилий добился разрешения покинуть обитель. Василий III Иванович приказал «ему и сущим с ним давать на пропитание хлеб оброчный». С шестью монахами Корнилий ушёл на Сурское озеро. Около 1530 г. он прибыл в Москву за разрешением освятить новую церковь в Сурской пустыни, но получил отказ и скрылся, а затем появился в Троице-Сергиевом монастыре. Конфликт разрешился после того, как в Троицу приехал и Василий III Иванович, и старцы Корнилиева монастыря. После возвращения Корнилия в родную обитель и настоятель преподобный Кассиан, «устыдеся отца, остави игуменство». 18 сентября 1531 г. Василий III Иванович пожаловал Корнилию большие земельные владения, что было закреплено выдачей тарханной грамоты (подтверждена 7 февраля 1534 г.). В Житии этому событию посвящена отдельная глава – «О селех и деревнях и о грамоте тарханной». Автор был хорошо знаком с текстом документа и передал в речи великого князя основные особенности его формуляра, о чём исследователям позволяет судить оригинал (Российская национальная библиотека, копия XIX в.: Российская государственная библиотека). В Житии говорится, что святой отказывался от населённых земель и просил лишь «земли мало с лесом», однако великий князь пожаловал 77 деревень в Обнорской волости, 18 починков и 79 займищ в Комельской волости. Таким образом, монастырь приобрёл значительные владения в различных уездах, которые активно осваивались (об этом говорит количество починков). Кроме того, монастырские торговые экспедиции и перевозки имущества были освобождены от пошлин, а владения обители – от налогов. Через некоторое время Корнилий ушёл в Кириллов монастырь и вернулся только после назначения на пост игумена его ученика преподобного Лаврентия. Сам Корнилий затворился в келье, где провёл около года. Зимой 1537/1538 гг. он был вынужден вместе с братией спасаться бегством от татар. Согласно Житию, Корнилий умер в возрасте 82 лет и был погребён близ Введенской церкви. В Первоначальной редакции Жития и в старейших списках Основной сказано, что святой скончался «по Пасце в пятую неделю, въ время заутрении въскресныя» (19 мая приходилось на пятое воскресенье после Пасхи в 1538 г.). В справочной литературе, в большинстве поздних списков Жития и в редакции печатного Пролога ошибочно, по мнению исследователей, указан 1537-й как год преставления.