Переговоры короля с шотландцами результата не принесли, в ноябре 1638 г. в Глазго Генеральная ассамблея Церкви Шотландии приняла решение об отмене «Пяти пертских статей», Высокой комиссии и ликвидации епископата как несовместимого с пресвитерианской верой. Попытка королевского комиссара лорда Джеймса Гамильтона распустить ассамблею потерпела полную неудачу. Карл I, убеждённый в необходимости существования епископата для осуществления королём контроля над церковью и как глава епископальной Церкви Англии, не признал решения Генеральной ассамблеи. Манифестом восставших стали решения Национального ковенанта 1638 г., идеи которого нашли широкий отклик у шотландского народа. Вся страна, за исключением немногих убеждённых роялистов в Абердиншире, объединилась против посягательств короля. Ковенантерам удалось закупить в континентальной Европе вооружение и обмундирование. Была также налажена система набора в шотландскую армию, во главе которой встали вернувшиеся в страну командиры наёмных отрядов, участвовавшие в Тридцатилетней войне (например, Александр Лесли). Ковенантеры получили поддержку шотландских поселенцев в Ольстере и английских пуритан, которые также боролись с усилением королевского абсолютизма и религиозной реформой архиепископа Уильяма Лода. Малочисленные сторонники короля в Шотландии объединились вокруг Джорджа Гордона, маркиза Хантли, и Абердинского университета. Король не смог собрать большую армию, т.к. в казне не было денег, поэтому он мог опираться только на английские подразделения, находившиеся в северных английских графствах. Однако и эти части были ненадёжными, многие солдаты симпатизировали шотландским пресвитерианам. В начале 1639 г., в ходе так называемой Первой епископской войны ковенантеры овладели королевскими замками Далкит и Дамбартон; Джеймс Грэхем, маркиз Монтроз, захватил Абердин, Арчибальд Кэмпбелл, граф Аргайл, отбил попытку вторжения в Кинтайр, Александр Лесли остановил королевскую армию, которая попыталась форсировать реку Туид. 19 июня 1639 г. в Берике было подписано перемирие между королём и ковенантерами: обе стороны пообещали сложить оружие, а король дал клятву передать все спорные религиозные вопросы на рассмотрение парламенту. Карл I начал переговоры с умеренными ковенантерами (включая маркиза Монтроза), но т.к. он продолжал настаивать на сохранении епископата, переговоры успеха не имели. Король вернулся в Лондон, отказавшись участвовать в работе шотландского парламента и Генеральной ассамблеи Церкви Шотландии. Ассамблея приступила к работе 12 августа в Эдинбурге и подтвердила ликвидацию епископальной формы управления церковью. 31 августа 1639 г. парламент законодательно закрепил решения Генеральной ассамблеи. Весной 1640 г. Карл I был вынужден созвать английский парламент, чтобы получить деньги для продолжения войны с Шотландией, но так называемый Короткий парламент, заседавший 13 апреля – 5 мая 1640 г., отказал королю. В августе того же года началась Вторая епископская война. 20 августа войска ковенантеров под командованием Александра Лесли вступили на территорию Англии, прошли Нортамберленд и одержали победу над английской армией в битве при Ньюбери, а 30 августа захватили Ньюкасл.