В мае 1584 г. был изданы «Чёрные акты», которыми утверждалась верховная власть короля в церковной сфере, осуждалась практика создания пресвитериев и подтверждались прерогативы епископов. В 1585 г. королю удалось объединить в Государственном совете консерваторов и пресвитериан. В 1586 г. с Англией был подписан договор о союзе и взаимопомощи. В 1589 г. Яков VI женился на Анне Датской, представительнице европейского протестантского дома. В дальнейшем он проводил крайне суровую политику в отношении как пресвитериан, так и католиков, подавив несколько мятежей. В 1592 г. парламент издал указ, получивший известность как «Золотой закон» (в историографии его часто называют «Великая хартия вольностей шотландского пресвитерианства» или «Великая хартия Церкви»). Этот закон с одобрения короля утвердил пресвитерианскую форму управления церковью. Были признаны «Вторая книга порядка», институт пресвитерианства и церковные суды (Генеральная ассамблея, провинциальный синод, пресвитерия, церковная сессия), но епископат формально отменён не был. Важную роль в управлении церковными делами играли государственные инспекторы и уполномоченные. Корона также оставляла за собой право определять место и время созыва Генеральной ассамблеи. С 1596 г. Яков VI начал ещё более активно вмешиваться в религиозную ситуацию в стране; восстановил епископат и его право занимать места в парламенте, а также право короля назначать служителей в важнейшие приходы. После смерти Елизаветы I пресеклась линия Генриха VIII, и 25 июля 1603 г. Яков VI стал королём Англии с именем Яков I. После восстановления в Церкви Шотландии епископата и подчинения церковной иерархии королю Яков I приступил к реформированию пресвитерианского богослужения, стараясь приблизить его к практике Англиканской церкви. В 1617 г., во время поездки по Шотландии, он предложил ввести коленопреклонение при принятии причастия, частное причащение больных и немощных, крещение не только в так называемый День Господень, но и в любой другой, если это необходимо (например, при угрозе смерти младенца), право епископов проводить конфирмацию и «соблюдение святых дней»: празднование Рождества, Страстной пятницы, Пасхи, Вознесения и Троицы. Нововведения короля были восприняты шотландцами как попытка реставрации католичества и вызвали волнение в обществе. В ноябре 1617 г. Генеральная ассамблея Церкви Шотландии отказалась принять королевские предложения, и король созвал в Перте новую «национальную ассамблею», которая состояла, в основном, из его сторонников и утвердила законопроект, получивший название «Пять пертских статей». В 1621 г. парламент утвердил статьи, но король не стал настаивать на их строгом соблюдении, т.к. в стране уже ширилось новое протестантское оппозиционное движение. Осторожная политика, идеологом которой стал архиепископ Сент-Андрусский Джон Споттисвуд, позволила временно удержать равновесие в шотландском обществе. Реформы Якова VI конца XVI – начала XVII вв. обеспечили достижение в шотландской пресвитерианской церкви определённого равновесия, удовлетворявшего и королевскую власть, и протестантское духовенство.