В сентябре 1547 г. шотландцы потерпели поражение от англичан при Пинки и потеряли основные крепости на востоке страны. Мария де Гиз подписала договор о браке Марии Стюарт с французским дофином Франциском, и в Шотландию были отправлены французские войска. К 1550 г. англичане были изгнаны. Свадьба Марии Стюарт и дофина Франциска состоялась 24 апреля 1558 г. в соборе Парижской Богоматери. Согласно секретному приложению к брачному договору, в случае отсутствия детей от этого брака Шотландия переходила под скипетр французского монарха. В конце 1558 г. на английский престол взошла королева Елизавета I Тюдор, которая поддерживала шотландских протестантов. С точки зрения католической церкви Елизавета I Тюдор являлась незаконнорождённой, а Мария Стюарт как правнучка Генриха VII Тюдора обладала всеми правами на престол. Поэтому Мария Стюарт также объявила себя королевой Англии. В 1559 г. муж Марии Стюарт взошёл на французский престол под именем Франциска II, а Мария стала королевой Франции. 11 июня 1560 г. в Шотландии скончалась Мария де Гиз, а 6 июля был заключён Эдинбургский договор, закрепивший победу протестантов, по которому Шотландию покинули французские и английские войска. Хотя лютеране были первыми протестантами, в Шотландии шире распространились идеи кальвинизма. На раннем этапе большую роль сыграли попавшие под влияние женевских реформаторов эмигранты Джордж Уишарт (около 1513 – 1546 гг.), который был сожжён на костре, и Джон Нокс. Вскоре после изгнания Джон Нокс написал «Увещевание»: главная идея трактата заключалась в том, что «верующие должны быть в завете с Богом», который основан на том, что «только Он наш Бог, а мы – Его народ…, мы будем обращаться к Нему и избегать чуждых богов», а также сопротивляться «папскому идолопоклонству». В работах 1556–1558 гг. Джон Нокс систематизировал свои представления о завете, понимая и толкуя его в терминах Ветхого Завета, через него объясняя связь и обязанности правительства и народа на основании Закона Божия. Джон Нокс ссылается на призыв царя Иосии к израильтянам «соблюдать заповеди (Господни) и откровения Его и уставы Его..., чтобы выполнить слова завета сего, написанные в книге» (4 Цар. 23). С его точки зрения, правители должны проводить необходимые религиозные реформы и искоренять идолопоклонство. Он полагал, что ветхозаветные принципы иудейской теократии вполне способны работать в современном ему европейском государстве. В «Письме к народу Шотландии» Джон Нокс, разочарованный поведением шотландского дворянства, практически предвосхищает более позднее учение о гражданском сопротивлении. Простой народ, полагал он, обязан следить за правильностью проповедования учения Христа и уничтожением идолопоклонства в случае, если дворянство и другие сословия уклоняются от выполнения этой обязанности. Основной его аргументацией стали примеры библейских заветов между Богом и всем Его народом (а не только с правителями, например, Исх. 34). Джон Нокс утверждал, что те, кто отказываются бороться с властями, поддерживающими идолопоклонство, рискуют «потерять свою бессмертную душу».