«Первая книга порядка» определяет идолопоклонство как «всё, почитающее Бога, но не содержащееся в Его Слове», поэтому шотландские пресвитериане исключили празднование «святых дней» (Рождества, Пасхи и др.), потому что «в Божьем Писании они не имеют ни заповеди, ни уверенного заявления». В 1566 г., когда швейцарские кальвинисты попросили шотландцев одобрить второе «Гельветическое исповедание», они сделали это, исключив отрывок, «касающийся праздника Рождества нашего Господа, обрезания, страстей, воскрешения, вознесения и сошествия Святого Духа на Его учеников». События в Шотландии 1559–1560 гг. позднее стали называть первой протестантской революцией. После вынужденного отречения Марии Стюарт от престола (24 июля 1567 г.) в пользу сына Якова VI регентом был назначен Джеймс Стюарт, граф Морей. Мария Стюарт бежала в Англию и просила помощи у Елизаветы I, которая после проведённого расследования признала низложение Марии Стюарт справедливым. Парламент в 1567 г. вновь подтвердил свой отказ от папства и «Шотландское исповедание». Затем он приступил к учреждению Реформатской церкви. В шестой главе постановления, которое с комментариями было вновь ратифицировано в 1579 г., утверждалось: «Наш всевышний Господь и Пресвятая Троица…, заявлял и заявляет…, что Его народ, открыто признающий Иисуса Христа, о котором возвещается в Евангелии, и причащающийся Святым Таинствам, которые преподаются в протестантских церквах этого королевства в согласии с Исповеданием веры, является единственной истинной и святой Церковью Иисуса Христа в пределах данного королевства. Таким образом, в соответствии с данным законом Реформатская церковь стала единственной признанной церковью Шотландии. В главе 12 «Закона о юрисдикции Церкви» 1567 г. объявлялось, что корона «признаёт и дарует юрисдикцию вышеуказанной Церкви, [которая] состоит в проповедовании истинного слова Иисуса Христа, исправлении нравов и проведении Святых Таинств… Нет иной сущности Церкви и религии, чем представление Божьего Спасителя, признаваемого в этом королевстве. Тем не менее, специальные законодательные акты не определяли, какой именно тип управления церковью должен существовать в Шотландии. В зависимости от внешних и внутренних факторов система церковного управления Шотландии в течение 25 лет переходила от полуепископальной формы к полупресвитерианской и обратно. Окончательная победа пресвитерианской формы управления в Шотландии во многом связана с именем преемника Джона Нокса – Эндрю Мелвилла, в 1574 г. вернувшегося из Женевы и обнаружившего, что «епископальная система, существовавшая в то время, использовалась короной для контроля над Церковью и знатью, дабы присваивать церковные фонды в свою казну». Он сделал вывод, что корень всех зол – это епископальная форма церковного управления, которую необходимо заменить пресвитерианской, наподобие той, что существовала у французских гугенотов. Ни Жан Кальвин, ни Джон Нокс не были против функций епископа, хотя и отрицали идею апостольского преемства. Эндрю Мелвилл выступил против епископата, который, с его точки зрения, умолял исключительность власти Христа и наносил ущерб свободе людей, в поддержку правления пресвитеров в церкви на различных уровнях: от консистории местной церкви до регионального Синода и национальной Генеральной ассамблеи.