3 декабря 1557 г. группа шотландских дворян (Арчибальд Кэмпбелл, граф Аргайл, Джеймс Дуглас, граф Мортон, Альберт Кэмпбелл, лорд Лорн, и др.) подписали в Эдинбурге первый «Ковенант» («First band»), в котором поклялись поддерживать распространение идей реформации и защищать их от сторонников папства («идолопоклонства») с оружием в руках; подобный «Ковенант» был заключён также в 1559 г. в Перте. В Шотландский парламент, созванный 1 августа 1560 г. в Эдинбурге, была направлена петиция об упразднении папства, восстановлении чистоты богослужения, церковной дисциплины, о направлении церковных доходов на поддержку духовенства, развития образования и помощи бедным. В «Постановлении о папской юрисдикции», в главе 2 парламент отменил полномочия папы в Шотландии, в третьей – упразднялось идолопоклонство, в четвёртой – месса была объявлена вне закона. Парламент учредил комитет во главе с Джоном Ноксом для подготовки текста нового «Исповедания веры». «Шотландское исповедание» было написано всего за четыре дня «шестью Джонами»: Ноксом, Уинрамом, Уиллоком, Споттисвудом, Дугласом и Роу. Документ был зачитан и утверждён в парламенте тремя сословиями 17 августа 1560 г. Основанное на библейской истории «Искупления от Адама до Христа», оно формулирует классическое протестантское учение о знаках и символах «истинной церкви»: «Мы утверждаем, что знамения, признаки и верные знаки, по которым беспорочная Невеста Христова отличается от зловещей блудницы – ложной церкви, – это не древность, незаконно полученный титул, линия наследования, назначаемое место и количество людей, одобряющих заблуждения…, (но) истинная проповедь Слова Божьего…, правильное отправление Таинств…, церковная дисциплина». В принятом парламентом постановлении об «Исповедании веры» 1560 г. говорилось, что оно должно быть: «Исповеданием веры, открыто заявляемым и признаваемым протестантами в пределах государства Шотландии, обнародованным ими в Шотландии, и сословиями, которые утвердили и одобрили его как полезное и здравое учение, основанное на непогрешимой истине Слова Божьего». Гражданская власть (парламент) только утверждает и одобряет «Исповедание», т.е. утверждается, что оно не может быть предписано гражданской властью церкви для исполнения. Комитет под руководством Джона Нокса также составил конституцию для церкви, которая получила название «Первой книги порядка» («The First Book of Discipline»). В декабре 1560 г. на первой Генеральной ассамблее Шотландской церкви эта книга была одобрена и впоследствии активно использовалась церковью, но парламентского одобрения и легализации так и не получила из-за включённых в неё методов решения финансовых проблем. В книге сформулирована система церковного управления, основанная на христианском содружестве церкви и государства, но церковь отвечает за благосостояние людей, а правительство управляет ими. Церковь должна заниматься образованием и помощью бедным, а также проповедованием и наказанием. Такая схема была неприемлема для лордов, т.к. в ней предполагалась передача наследия Римско-католической церкви вновь созданной реформатской, а многие лорды уже захватили церковную собственность или получали доходы от церковных имений.