Благодаря включению растительных элементов сложной структуры они сохраняют сходство с коринфскими капителями. На «григорианских» капителях представлены фигуры музыкантов (жонглёров) с инструментами в руках, обрамлённые рамкой-мандорлой с текстом по периметру. Их причудливые позы, условность жестов составляют стилистическую особенность романской скульптуры, далёкой от буквального восприятия образов. На другой капители представлены аллегорические изображения семи «свободных искусств» (Риторика, Грамматика, Диалектика, Астрономия, Геометрия, Арифметика, Музыка; восьмая фигура – скорее всего, по мнению исследователей, Премудрость, или Философия). Одновременно с возведением Клюни III в монастыре велись работы по строительству рефектория, дормитория (келейного корпуса), больницы, богадельни и др., был сооружён новый клуатр. В перестроенном виде сохранилось здание гостиницы – так называемой конюшни св. Гуго (конец XI – начало XII вв.). Строительные работы продолжались при аббате Петре Достопочтенном (зал капитула и др.). Ко второй половине XIII в. исследователи относят мельничную башню и двухэтажное хранилище для зерна; на рубеже XIII и XIV вв. был возведён так называемый дворец папы Геласия (искажён неоготической реконструкцией XIX в.). Во второй половине XV в. по указанию аббата Жака II д'Амбуаза (1481–1510 гг.) была построена небольшая резиденция настоятеля (в настоящее время мэрия). Значительная часть средневековых зданий была утрачена в результате реконструкции монастырского ансамбля, предпринятой по указанию аббата Фредерика Жерома де Ларошфуко (1747–1757 гг.). В новые корпуса были включены дворец папы Геласия и фрагменты зала капитула. После закрытия Клюни (1790 г.) главная монастырская церковь Клюни III перестала использоваться по назначению и была продана на слом. От неё сохранилась часть южного рукава большого трансепта с башней и небольшой башенкой-пристройкой (около 8% здания). Возрождение интереса к монастырским зданиям было связано с празднованием 1000-летия Клюни (сентябрь 1910 г.); церковные торжества, на которых присутствовали французские епископы-бенедиктинцы и настоятели крупнейших бенедиктинских монастырей, были совмещены с научным конгрессом, посвящённым истории и культурному наследию Клюни. После этого были приняты меры для сохранения монастырского ансамбля; по инициативе Американской средневековой академии (Medieval Academy of America) были проведены археологические изыскания, позволившие восстановить архитектурную историю Клюни. На территории монастырского бурга сохранились приходские церкви Нотр-Дам (XII–XIV вв.) и Сен-Марсель (XII–XIII вв.), остатки зданий приората св. Майоля (XV в.) и капеллы св. Одилона (XI в.), а также укрепления и элементы городской застройки (с XII в.). К последнему столетию существования монастыря относятся здания обители реколлектов (XVII в.; в настоящее время конгрегация Клюнийских сестёр св. Иосифа) и госпиталя (Отель-Дьё), возведённого по указанию кардинала Э.Т. де ла Тура д'Овернь, аббата Клюни.