Сравнительно простое решение западной и центральной частей Клюни III контрастировало со сложной организацией восточной части (хора), предназначенной, главным образом, для монахов. Деамбулаторий с венцом капелл (пять капелл по периметру центральной апсиды, по три в рукавах малого трансепта и по две в рукавах большого), позволявший участвовать в богослужениях и процессиях многочисленным паломникам, находит соответствия в храмах, возведённых на так называемых паломнических путях в Сантьяго-де-Компостела. Согласно К.Дж. Конанту, отклонение от точных пропорций не превышало 10 см как в плане, так и по параметрам постройки (судя по сохранившейся части). Хор и неф церкви расходились под небольшим углом (исследователям неизвестно, было ли это результатом ошибки, изменений в плане или сознательным замыслом), поэтому северная и южная стены отличались по длине. Отклонение от точных размеров сохранившихся стен по вертикали также не превышает 10 см (по мнению исследователей, допустимая погрешность кладки). Стены выложены из камня и отделаны плинфой; в интерьере нефа нижний ярус стен был прорезан узкими и высокими, слегка заострёнными арками, разделёнными столбами сложного профиля. Над слепым трифорием (три полукруглые арки на один пролёт нижнего яруса) располагался аналогичным образом структурированный клеристорий с окнами; свод поддерживался подпружными арками прямоугольного профиля, перекинутыми между полуколоннами верхнего яруса. Характерной чертой было применение в декоре архитектурного ордера (это свидетельствует о понимании античного наследия и желании воспринять аккумулированные в нём знания и идеи; в первой половине XII в. эта тенденция получила яркое воплощение в соборе Сен-Лазар в Отёне). Так, восточная часть была украшена колоннами со скульптурными капителями, выше находился слепой пояс с полуколоннами, над ним – пояс окон, разделённых небольшими полуколонками. Квадратное основание главной башни над средокрестием венчалось слепой галереей и островерхим куполом. Аналогичным образом были решены башни нартекса; башни над рукавами большого трансепта и над хором имели восьмигранную форму. Исследователи отмечают, что архитектура Клюни III стала образцом для романского зодчества и оказала влияние на формирование стиля и принципов строительства в эпоху готики. Под прямым влиянием Клюни III были возведены несколько романских церквей, среди которых выделялся кафедральный собор в Кентербери, где алтарная часть, перестроенная между 1096 и 1126 гг., получила особый трансепт и деамбулаторий с капеллами. В 1090 гг. радиальные капеллы были пристроены к церкви клюнийского приората в Льюисе; более скромными образцами влияния Клюни III в Англии исследователи считают храмы клюнийских приоратов Лентон и Бермондси. В Бургундии были возведены клюнийские церкви в Ла-Шарите-сюр-Луар, Сувиньи и Паре-ле-Моньяль (уменьшенная копия Клюни III, но с одним трансептом и без нартекса).