Как и многие другие бенедиктинские монастыри во Франции, аббатство Клюни перестало оказывать духовное и культурное влияние на общество. В связи с распространением идей Просвещения возникло представление о том, что богатства монастырей не соответствовали пользе, которую они приносили обществу и государству. По этой причине закрытие Клюни в годы Французской революции (1789–1799 гг.) не вызвало сопротивления даже среди насельников аббатства. После принятия Конституционным собранием декрета об отмене монашеских обетов и о роспуске религиозных общин (13–19 февраля 1790 гг.) горожане ходатайствовали о сохранении монастырской церкви, однако муниципалитет города Макон постановил закрыть храм. Согласно акту о передаче монастырского имущества (31 января 1791 г.), подписанному прокуратором аббатства Пьером Тальмёфом, в Клюни был 41 монах, доходы монастыря составляли почти 100 тыс. ливров, доходы аббата – 200 тыс. После установления диктатуры якобинцев аббат Доминик де Ларошфуко (1757–1790 гг.) бежал в Германию (ум. 25 сентября 1800 г. в Мюнстере). Последняя месса была совершена в Клюни 25 октября 1793 г. 28–29 ноября монастырская церковь и приходские храмы Клюни были разорены солдатами революционной армии. В 1795 г. в приходских церквах возобновились богослужения, однако монастырский храм был признан ветхим и не подлежащим восстановлению. В апреле 1798 г. здание церкви было продано с торгов за 2 млн. франков; разрушение храма продолжалось до 1824 г. (тогда же была уничтожена основная приходская церковь Сен-Майёль). Здания аббатства неоднократно подвергались перестройкам, поэтому важнейшими источниками сведений о монастырском ансамбле являются клюнийские «consuetudines», средневековые литературные произведения, графические изображения и планы XVII–XVIII вв., а также данные археологических раскопок. Сложившиеся в исследовательской литературе представления о развитии ансамбля Клюни во многом основаны на выводах К. Дж. Конанта, который между 1928 и 1950 гг. руководил раскопками на территории монастыря. Археологические исследования, возобновлённые в 2006 г., позволили исправить и дополнить многие предположения К. Дж. Конанта. К моменту основания монастыря в Клюни существовала усадебная капелла Девы Марии и св. Петра (К. Дж. Конант назвал её Клюни А). По мнению К. Дж. Конанта, вскоре рядом с капеллой была возведена первая монастырская церковь (Клюни I), имевшая сходство с церковью клюнийского приората Пайерн (Швейцария) и с церковью Сен-Лоран в Тюрню (обе – Х в.): это однонефные сооружения с нишами в восточной (алтарной) стене и невысокой башней над предалтарным пространством. Однако данные, полученные во время раскопок 2013–2014 гг., позволяют исследователям считать, что до середины X в. в монастыре не велись крупные строительные работы. Под монастырские нужды были использованы здания подаренной монахам каролингской виллы (обнаружены остатки построек VIII–IX вв.), в том числе усадебная капелла. Не раньше 948 г. на месте виллы началось строительство монастырской церкви св. апостолов Петра и Павла (Клюни II).