Юрисдикция аббата Клюни была подтверждена Римскими папами Григорием VII (в 1075 г.) и Луцием II (в 1144 г.). В 1095 г. папа Урбан II подтвердил, что монастырский бург находится под покровительством Папского престола, как и священная территория в окрестностях Клюни (limites sacri banni). На собрании епископов Лионской провинции и сеньоров Бургундии в Маконе (1153 г.) было принято решение защищать собственность и зависимых людей Клюни на землях между реками Соной, Луарой и Роной; жители бурга обязывались оказывать вооружённое сопротивление захватчикам. Тем не менее, в 1161 г. воины Гийома II, графа Шалона, напали на бург и убили почти 500 жителей, которые пытались их остановить. Лурдонский договор, заключённый аббатом Клюни и графом Шалона (1180 г.), был утверждён французским королём Филиппом II Августом, который обязался защищать монастыри Клюни, Паре-ле-Моньяль и Марсиньи. Однако угроза монастырским владениям со стороны местных сеньоров не исчезла, поэтому аббат Тибо I из Вермандуа (1179–1183 гг.) велел окружить монастырь и бург крепостными стенами (длина 1,33 км), которые заменили укрепления аббата Гуго I. Жители бурга, перестав повиноваться аббату Гуго V Анжуйскому из-за повышения податей, основали коммуну, но в 1206 г. заключили договор с аббатом и отказались от борьбы за городские свободы; впоследствии сеньориальные права аббата не оспаривались горожанами. В 1304 г. юрисдикция аббата над бургом Клюни была подтверждена французским королём Филиппом IV Красивым. Несмотря на снижение авторитета Клюни в XIII–XIV вв., монастырь оставался одним из крупнейших во Франции (в 1340 гг. здесь подвизалось 260 монахов, но число насельников постоянно уменьшалось). Упадок монашеской жизни в Клюни, как и во многих других монастырях Франции, связывают с введением режима комменды по условиям Болонского конкордата (1516 г.). На должность аббата назначались лица, не заинтересованные в соблюдении устава и порядка монастырской жизни, не часто посещавшие порученный им монастырь. Согласно акту, составленному в связи с назначением аббата Эймара Гуффье де Буази (1518–1528 гг.), к моменту введения комменды в Клюни было 140 монахов, которые строго придерживались бенедиктинского устава и следили за порядком богослужений; доход аббата оценивался в 10 тыс. дукатов. Передача должности аббата членам семейства Гизов (с 1528 г.) негативно сказалась на положении Клюни во время религиозных войн во Франции, т.к. Гизы считались главными противниками гугенотов. В 1562 г. гугеноты захватили Клюни, разграбили монастырское имущество и уничтожили многие рукописи; монахи укрылись в клюнийском приорате Паре-ле-Моньяль и в замке Лурдон. В 1574 г. гугенотам удалось захватить замок Лурдон, в котором находились сокровища и святыни аббатства. Была утрачена бóльшая часть ценностей, хранившихся в Клюни. Позднее аббат Клод де Гиз (1575–1612 гг.) выкупил у протестантов документы монастырского архива. В 1590 гг. монахи и горожане Клюни были вовлечены в противостояние Гизов и короля Генриха IV. Королевское войско осаждало Лурдон, а в 1595 г. разграбило окрестности Клюни (горожане заплатили выкуп). В XVII в. попытки возродить монашескую жизнь в Клюни с помощью введения «строгой обсервации» (неукоснительного соблюдения устава) и административных преобразований привели к нестроениям в аббатстве и, в конечном счёте, потерпели неудачу.