Контроль совета распространялся и на распределение выпускников духовных семинарий и академий по приходам. Совет поощрял активное участие РПЦ в международных миротворческих организациях в целях распространения её влияния за границей. В.А. Куроедов как председатель совета проводил индивидуальную работу с членами Синодов Русской и Грузинской православных церквей и руководством старообрядческих церквей, с правящими архиереями, настоятелями крупных монастырей, ректорами духовных школ и другими руководителями синодальных учреждений. Выступал как противник открытого административного давления на легально действующие религиозные организации, неоднократно информировал ЦК КПСС о фактах нарушения законных прав и оскорбления религиозных чувств верующих со стороны местных органов власти, в частности, о демонстративном уничтожении в 1965 г. в Ростовской области изъятых в храмах икон и богослужебных книг из закрытых церквей. Одновременно принимались меры по ужесточению борьбы с нелегальными формами религиозной жизни. 18 марта 1966 г. Президиум Верховного Совета РСФСР принял указ «Об административной ответственности за нарушение законодательства о религиозных культах», усиливавший ответственность руководителей религиозных общин за уклонение от регистрации. Под административные санкции также попадали нарушения установленных правил при проведении религиозных шествий и других культовых церемоний, организация членами религиозных объединений детских и юношеских собраний, а также кружков, не имеющих отношения к отправлению культа. В случаях, когда речь шла о систематическом проведении религиозных занятий с несовершеннолетними или о религиозных собраниях и шествиях, нарушающих общественный порядок, для членов религиозных общин предполагалась уголовная ответственность. В.А. Куроедов требовал от уполномоченных совета, взаимодействуя с местными властями, принимать решительные меры по прекращению деятельности нелегальных религиозных общин. Однако при сократившемся после хрущёвских гонений количестве зарегистрированных храмов и фактическом запрете на регистрацию новых приходов для большого количества верующих единственной возможностью реализации религиозных потребностей являлось участие в нелегальной церковной жизни. Общее число незарегистрированных религиозных объединений составляло от 20 до 30% от количества зарегистрированных общин, а в ряде областей (Львовской, Днепропетровской, Ровенской областях на Украине, Гомельской, Минской областях в Белоруссии, Ростовской, Калужской, Свердловской областях в РСФСР, Кокчетавской области в Казахстане) без регистрации действовали до половины всех религиозных объединений. Ещё более острая ситуация сложилась с мусульманскими общинами. Выступая в 1968 г. в Ташкенте на региональном совещании уполномоченных Совета по делам религий из регионов традиционного распространения ислама, В.А. Куроедов заявил, что «незарегистрированных мусульманских обществ в стране в несколько раз больше, чем зарегистрированных». В связи с этим он пришёл к противоречивому выводу: «С точки зрения действующего законодательства о культах само существование незарегистрированных объединений является незаконным. Вместе с тем, массовая регистрация и открытие мечетей нанесли бы серьёзный урон делу атеистического воспитания».