В результате, как писал В.А. Куроедов в ЦК КПСС, под нажимом местных властей уполномоченные «занимаются недопустимыми для них функциями: закрывают церкви, открыто занимаются антирелигиозной пропагандой». С 1962 г. В.А. Куроедов поднимал вопрос об объединении Совета по делам РПЦ и Совета по делам религиозных культов, исполнявших, по существу, одинаковые функции. Подобные предложения не находили понимания у высшего партийного руководства, однако после отстранения Н.С. Хрущёва от власти оно признало необходимым изменить формы и методы религиозной политики. 8 декабря 1965 г. было принято постановление Совета Министров СССР о преобразовании Совета по делам РПЦ и Совета по делам религиозных культов в единый орган – Совет по делам религий. Председателем объединённого совета стал В.А. Куроедов. В мае 1966 г. Совет Министров принял Положение о Совете по делам религий. Полномочия этого государственного органа были значительно расширены, в частности, ему передавалось право окончательного решения о регистрации или снятии с неё религиозных организаций (ранее находившееся в ведении местных властей). Уполномоченные совета назначались его центральным руководством, а местные органы власти могли лишь представлять кандидатуры на эти должности (тем не менее, фактически уполномоченные оставались в зависимости от местных властей). На всесоюзном совещании уполномоченных Совета по делам религий в июне 1966 г. В.А. Куроедов поставил в качестве стратегической задачи «преодоление религиозных предрассудков», однако акцент теперь делался не на силовое подавление легально существующих в СССР религиозных конфессий, а на ограничение влияния религиозных идей. Расчёт строился на представлении о росте в советском обществе безразличия по отношению к вере, что в дальнейшем должно было привести к упадку религиозности. В.А. Куроедов говорил об углубляющемся «кризисе религии», «пессимистических» настроениях среди духовенства, но одновременно отметил высокие показатели крещения детей, рост доходов религиозных организаций при сокращении числа зарегистрированных храмов, существование значительного количества незарегистрированных религиозных общин, большое число паломников. Анализируя религиозную ситуацию в стране, В.А. Куроедов указывал на две тенденции: приспособленчество (модернизм) и традиционализм, обратив особое внимание на попытки религиозных организаций «приспособиться» к реалиям социализма. Он считал, что оба направления содержат в себе опасность для советского общества и государства. В то же время В.А. Куроедов высказал обеспокоенность в связи с активизацией «фанатичных элементов». Массовое закрытие храмов прекратилось после прихода к власти Леонида Ильича Брежнева. Если в 1960–1964 гг. ежегодно лишались регистрации в среднем 1,2 тыс. религиозных общин, то с 1965 г. этот показатель уменьшился в 30 раз – до 40 закрытых общин в год. Однако ранее закрытые храмы не открывались, и общее число зарегистрированных религиозных общин в стране продолжало сокращаться. На новом этапе религиозной политики В.А. Куроедов считал нужным тщательно контролировать различные сферы церковной жизни. Особым направлением деятельности совета была «политико-воспитательная работа» с духовенством, изучение его настроений. Совет осуществлял контроль над воспроизводством кадров священнослужителей, вмешиваясь в процесс приёма в семинарии и посвящения мирян в духовный сан.