Позиция совета вступила в противоречие с мнением ряда ведущих партийных идеологов, предлагавших дальнейшее ужесточение антицерковной борьбы. После появления в январе 1964 г. в журнале «Коммунист» статьи секретаря ЦК КПСС Леонида Фёдоровича Ильичёва с критикой религиозной политики в 1943–1953 гг. и изложением программы ускоренного освобождения советских людей от «религиозных предрассудков» В.А. Куроедов направил в ЦК КПСС докладную записку о крайне негативной реакции на это выступление в РПЦ. Многие архиереи и священники расценили заявление Л.Ф. Ильичёва как «фундаментальный пересмотр политики по отношению к религии и религиозным организациям», переход Советского государства к действиям по уничтожению церкви. В.А. Куроедов в связи с этим выразил опасение, что продолжение попыток в кратчайшие сроки покончить с религией вынудит значительную часть духовенства и верующих перейти к активному сопротивлению. В 1960–1961 гг. почти полностью изменился персональный состав служащих центрального аппарата Совета по делам РПЦ и его уполномоченных на местах. Если раньше в совете в основном работали бывшие сотрудники органов госбезопасности, то теперь на их место приходили, в основном, партийные и советские чиновники. В сравнении с представителями спецслужб гражданские служащие отличались, как правило, большей непримиримостью во взглядах на церковь и религию, не говоря уже об их низком профессионализме. Очень часто новые служащие совета не знали советского религиозного законодательства, за соблюдением которого должны были следить. В.А. Куроедову пришлось срочно организовывать занятия для повышения квалификации своих сотрудников. 16 марта 1961 г. была выпущена специальная инструкция для уполномоченных совета по применению законодательства о культах. В начале 1963 г. при совете была создана общественная группа инструкторов-консультантов для экспертной работы. В.А. Куроедов неоднократно обращался в высшие органы власти с предложениями о реорганизации Совета по делам РПЦ. В июне 1960 г. был подготовлен проект нового положения о совете, предусматривавший расширение его функций. Проект долгое время рассматривался в различных инстанциях, пока в июле 1961 г. не был окончательно отклонён Президиумом Совета Министров СССР. Антицерковная кампания косвенным образом негативно отразилась на территориальных структурах совета. В ряде регионов после резкого сокращения количества православных приходов местные органы власти упраздняли как ставшие ненужными должности уполномоченных Совета по делам РПЦ. Общее число уполномоченных сократилось с 1961 по 1964 гг. со 103 до 77 человек, при этом некоторые из них одновременно являлись уполномоченными совета по делам религиозных культов. В.А. Куроедов с начала своей деятельности обращал внимание ЦК КПСС на проблему статуса уполномоченных совета, назначаемых местными органами власти, а совет не имел возможности повлиять на это назначение. Фактически уполномоченные были представителями не совета, а местных властей, которые обычно занимали более жёсткую антицерковную позицию, чем центральный аппарат Совета по делам РПЦ.