Ссылаясь на несоответствие действующего «Положения об управлении Русской Православной Церкви» нормам постановления ВЦИК и Совнаркома РСФСР от 8 апреля 1929 г. «О религиозных объединениях», В.А. Куроедов требовал от Московской патриархии коренным образом изменить принципы приходского управления, передав его от настоятеля «исполнительному органу» – церковным советам, в которые власти могли продвигать своих людей; старосты церквей также часто назначались при участии органов власти. Таким образом, клирики оказывались в положении бесправных служащих, нанятых для «исполнения религиозных потребностей». Патриарх и Синод были вынуждены принять постановление о проведении приходской реформы; оно было утверждено архиерейским Собором РПЦ 18 июля 1961 г. Собор также одобрил вступление РПЦ во Всемирный Совет Церквей (ВСЦ). В.А. Куроедов активно содействовал этому решению, которое не могло быть принято без одобрения высшего партийного руководства. В докладной записке в ЦК КПСС В.А. Куроедов объяснял необходимость вступления РПЦ в ВСЦ, «чтобы через него более эффективно воздействовать на христианское общественное мнение за рубежом». В ноябре-декабре того же года делегация Московской патриархии впервые участвовала в работе третьей Ассамблеи ВСЦ в Дели. Представители РПЦ, налаживая в структурах ВСЦ диалог с зарубежными христианами, были вынуждены ориентироваться на внешнеполитические цели Советского государства, однако всегда проявляли твёрдость в вопросах веры и догматического учения. Меры государственных властей по использованию авторитета Московского патриархата на международной арене сопровождались усилением гонений на церковь внутри страны. В конце 1961 г. по инициативе В.А. Куроедова по всей стране была организована перепись («единовременный учёт») зданий, находящихся в пользовании религиозных обществ, и их имущества. После этого у приходов и епархиальных управлений была изъята большая часть транспорта, хозяйственных и жилых помещений (многие священнослужители при этом были выселены из своих домов). Происходило массовое снятие священников с регистрации, исключение из приходских советов нежелательных властям лиц («религиозных фанатиков»), был введён обязательный учёт исполнения треб с записью персональных данных заказывающих их лиц, что позволяло выявлять и преследовать участвующих в церковных таинствах и обрядах. Принимались меры по недопущению в храмы несовершеннолетних. 13 октября 1962 г. В.А. Куроедов отчитался перед ЦК КПСС, что с начала 1960 г. количество церквей сократилось более чем на 30% (всего за 1960–1964 гг. были сняты с регистрации 40% от числа всех приходов РПЦ), а монастырей – в два с половиной раза. Вместе с тем В.А. Куроедов отметил почти двукратный рост обращений верующих с жалобами на нарушение их прав местными властями. С 1963 г. материалов о рассмотрении советом фактов нарушения религиозных прав граждан становится заметно больше. Совет начал требовать от местных органов власти «прекратить администрирование по отношению к верующим и духовенству». Были сделаны выводы, что продолжение антицерковной кампании административными методами может угрожать общественному спокойствию и серьёзно повредить внешнеполитическим планам СССР.