В 1759 г. Парфений был избран игуменом и много сделал для процветания обители. Сохранились написанные им музыкальные произведения. Кроме того, в двух музыкальных рукописях XVIII в. содержатся композиции другого насельника Киккского монастыря – иеромонаха Сильвестра. Ученик Ефрема Афинянина иеромонах Софроний Киккот (середина XVIII в.) известен исследователям как гимнограф и мелург. Дополненное издание «Описания... Киккского монастыря» (Венеция, 1782 г.) было подготовлено другим его учеником, Серафимом Писсидийцем, который является основателем книгоиздательства на караманлидике (турецком диалекте христиан Малой Азии). Активную экономическую деятельность игумена Парфения (ум. в 1776 г.) продолжил его племянник, игумен Мелетий III (Мавроматис или Ксенос; 1776–1811 гг.). В 1787 г. он пригласил работать в Киккский монастырь знаменитого критского живописца Иоанниса Корнароса. При игумене Мелетии на средства Киккского монастыря в Венеции продолжалось книгоиздание на греческом языке и караманлидике. Учёный архимандрит Киприан (Куриокуритис) подарил Киккскому монастырю свою личную библиотеку. В 1781 г., во время поездки архимандрита Иоакима в Грузию для сбора пожертвований, царь Имерети Соломон I пообещал предоставить Киккскому монастырю в качестве подворья монастырь Вардзиа с принадлежащими ему владениями. Это обещание было выполнено через несколько лет его преемником Давидом II. В XIX в. подворье приобрело во владение селение Акети и несколько лавок в Тбилиси. В 1873 г. недвижимое имущество греческих монастырей (в том числе Киккского монастыря) в Бессарабии и на Кавказе было конфисковано государством, но частично было возвращено в 1881–1883 гг. В начале ХХ в. Киккский монастырь решил продать собственность в Грузии, для чего в 1913 г. туда прибыл игумен Клеопа. Оставшееся непроданным имущество было национализировано после Октябрьской революции 1917 г. В 1783 г. игумен Мелетий был членом делегации кипрского духовенства в Константинополь с жалобой на наместника острова Хаджи Баки, который значительно увеличил налогообложение. Игумен Мелетий утвердил в качестве эмблемы монастыря пчелу, которая, по местному преданию, помогла основателю Киккского монастыря преподобному Исаии отличить подлинную Киккскую икону Божьей Матери от копии. Пожар 7 июля 1813 г. уничтожил все строения Киккского монастыря, кроме соборного храма. Киккская икона на три года была перенесена на подворье Архангелу. В восстановлении монастыря оказал помощь архиепископ Киприан. В 1814 г. значительную сумму (1 тыс. гроссов) пожертвовала Киккскому монастырю Домна Смаранда, дочь валашского господаря Николае Маврокордата и жена молдавского господаря Скарлата Каллимаки. В 1815 г., по свидетельству У. Тёрнера, строительные работы были в разгаре, из монашеской общины в 200 человек только 60 проживали в Киккском монастыре, остальные – на подворьях. В 1815 г. Константинопольский патриарх Кирилл VI подтвердил древние привилегии Киккского монастыря. В 1817 г. в монастыре были завершены восстановительные работы. В последние десятилетия османского периода Киккский монастырь выделял значительные суммы на нужды образования: в 1820 г. – школе в Лимасоле, в 1830 г. – «Греческой школе» в Никосии, в 1839–1842 гг. – особой кассе на содержание кипрских школ, в 1850 и 1859 гг. – школам Никосии, в 1859 г. – учебным заведениям Лимасола и т.д.