В апреле 1927 г. сотрудник Киевского Лаврского музея культов и быта П. Попов обнаружил в здании колокольни 181 том старопечатных книг из монастырской библиотеки, которая к тому времени была частично разграблена. По его требованию 15 апреля 1927 г. была произведена опись всего имущества обители, удалось выявить четыре «старинные» иконы. Киевский окрисполком изъял коллекцию книг, а также несколько рукописей и икон, все эти ценности были перевезены в Киевский Лаврский музей культа и быта (Киево-Печерский историко-культурный заповедник). К 2013 г. часть рукописей находилась в Центральном государственном историческом архиве Украины. В Киево-Печерском музее-заповеднике оказалась, по мнению исследователей, уже после окончательного закрытия прихода, и храмовая икона великомученицы Екатерины (1612 г.) работы Иеремии Синаита. Другая реликвия – икона императора Юстиниана I (основателя Синайского монастыря) – хранится в Национальном художественном музее Украины. Другие почитаемые святыни Киевского во имя великомученицы Екатерины мужского монастыря, как полагают исследователи, утрачены. Среди них – Тихвинская икона Божьей Матери в серебряной ризе (пожертвована игумену Евгению полковником гусарского сербского полка С. Витковичем (Вактовичем?) около 1740 – 1744 гг.), которая находилась в соборном иконостасе с правой стороны, и икона Николая Чудотворца «древнего письма», оправленная в серебро. 5 июля 1995 г. решением Кабинета министров Украины бывший монастырский комплекс, по формулировке постановления – «ансамбль доходных домов», был передан в ведение Управления Национального банка Украины по Киеву и Киевской области как коммунальная собственность. В конце 1995 г. была образована община православных греков Киева – «Греческий приход великомученицы Екатерины Украинской Православной Церкви», получившая регистрацию 16 февраля 1996 г. Настоятелем и старостой прихода стал архимандрит Никодим (Замборский-Карафа). Ему от архиепископа Дамиана (Самардзиса), предстоятеля Синайской Автономной православной церкви Иерусалимского патриархата, были переданы специальные полномочия, касающиеся устроения в Киеве подворья Синайской архиепископии. В 1995–1997 гг. на государственные средства были восстановлены келейный корпус, ошибочно именовавшийся в литературе как «доходный дом», и колокольня. В июле 1999 г. между греческим приходом и Управлением НБУ по городу Киеву и Киевской области был подписан договор, согласно которому приход получил в бесплатное пользование «храмовое помещение» на первом ярусе колокольни и комнату для размещения церковной канцелярии. Первый молебен состоялся на престольный праздник, 7 декабря 1999 г., первая литургия – на Рождество Христово, 7 января 2000 г. Однако в 2001 г. руководство киевского Управления НБУ запретило совершение богослужений во временно оборудованном храме. Екатерининская община, которую с 2000 г. возглавлял священник Пётр Зуев, по благословению митрополита Киевского и всея Украины Владимира (Сабодана) совершала богослужение перед закрытым храмом, а впоследствии располагалась в арендуемых помещениях на Подоле и в Липском переулке. В 2006 г. община устроила домовую церковь в помещении Центра богословских исследований (ул. Полупанова, 10), в котором также разместилась экспозиция Музея новомучеников и исповедников Российских. 2 апреля 2006 г. здесь была совершена первая литургия.