В 1826 г. территория бывшего Петропавловского монастыря была отдана Киевским магистратом под строительство зданий Киевской семинарии. Таким образом, в 1826–1828 гг. немногочисленная братия Киевского во имя великомученицы Екатерины мужского монастыря вернулась на монастырский двор при церкви великомученицы Екатерины близ Ярмарочной площади. В 1826 г. в Екатерининском храме служили настоятель архимандрит Неофит, священник Василий Капитанский, диакон Стефан Ковровский, послушник Василий Матковский, в 1834 г. – настоятель архимандрит Кирилл, священник Феодор Белячевский (Белошицкий?), диакон Иоанн и несколько служителей. 22 апреля 1834 г. на территории Подола вновь был пожар, уничтоживший большую часть каменного келейного корпуса, четыре деревянные келии, 13 деревянных монастырских лавок. 22 февраля 1836 г. митрополиту Киевскому и Галицкому Евгению (Болховитинову) были направлены планы строительства новых сооружений обители. 20 декабря 1842 г. архиепископ Синайский Констанций сообщил Андрею Николаевичу Муравьёву, что монастырь «исключён из штата и уничтожен»: «Сия неожидаемая весть жестоко поразила меня, всегда преданного к России и сей ради приверженности низложенного с патриаршего престола» (Отдел рукописей Российской государственной библиотеки). Но уже в феврале 1843 г. было получено известие, что «собственная обитель горы Синайской останется непоколебимою на горах Киевских, залогом единоверия обеих Православных Церквей, Греческой и Российской» (Отдел рукописей Российской государственной библиотеки). В апреле 1850 г. А.Н. Муравьёв посетил Киевский во имя великомученицы Екатерины мужской монастырь, беседовал с архиепископом Констанцием, которому советовал «поместить там несколько братий, если будут на то средства, и представить, куда следует, прошение о пособии», выражая надежду, что «быть может, принята будет во внимание просьба маститого старца, уважаемого на Севере, как и на Востоке» (Отдел рукописей Российской государственной библиотеки). В 1852–1853 гг., при архимандрите Хрисанфе, обитель вела судебный процесс с Киевским магистратом о возвращении земельных владений (Центральный государственный исторический архив Киева), следствием которого стало то, что в конце 1853 г. до архиепископа Горы Синайской дошли слухи о «вредных будто бы действиях по управлению Киево-Греческим монастырём архимандрита Хрисанфа», и архиепископ Констанций обратился в Синод с просьбой удалить архимандрита от управления. Однако Киевский митрополит Филарет (Амфитеатров) на запрос Синода сообщал, что архимандрит Хрисанф «действиями своими принёс монастырю пользу» (Отдел рукописей Российской государственной библиотеки). Подозрения архиепископа Констанция относительно киевского настоятеля, по мнению исследователей, не имели оснований, поскольку за время его управления монастырь был значительно перестроен. По проекту киевского епархиального архитектора Павла Ивановича Спарро в 1848–1850 гг. возведены братские кельи, в 1852–1853 гг. сооружена двухъярусная колокольня, в янвре 1853 г. Киевский во имя великомученицы Екатерины мужской монастырь получил разрешение на устройство магазина, в апреле 1856 г. поставлена новая ограда, в сентябре того же года закончен ремонт печей в настоятельских и братских кельях; оштукатурены и побелены все корпуса и ограждения, отремонтирована Екатерининская церковь. После начала Крымской войны переписка была прервана и возобновилась лишь в 1857 г. Тем временем архимандрит Хрисанф обратился к Киевскому митрополиту Филарету (Амфитеатрову) с просьбой принять его в один из русских монастырей. 2 сентября 1856 г. митрополит в донесении в Синод сообщал, «что Хрисанф, по прибытии на его место другого настоятеля, может быть определён в какой-либо русский монастырь и что он уже при восшествии на престол Государя Императора выполнил установленную присягу» (Отдел рукописей Российской государственной библиотеки).