В конце 1856 г. новым настоятелем Киевского во имя великомученицы Екатерины мужского монастыря был назначен архимандрит Кирилл, вызванный из Синайской обители великомученицы Екатерины. 15 июля 1857 г. Синод заявил, что «не встречает препятствия к дозволению приехать в Россию для управления Киево-Греческим монастырём архимандриту Кириллу с диаконом Порфирием... с присовокуплением, что об архимандрите Хрисанфе будет сделано особое распоряжение по получении ожидаемых о нём отзывов от Патриарха Константия и Киевского митрополита» (Отдел рукописей Российской государственной библиотеки). В 1878 г. настоятель архимандрит Мелетий испросил у Киевской духовной консистории и Киевской городской управы дозволение построить каменный дом для сдачи его в аренду лавочникам. На 27 августа 1885 г. было составлено более полное описание монастырской усадьбы, в которой под застройкой находилось 371 кв. сажён, сад занимал 50 кв. сажён, двор – 379 кв. сажён. В перечне зданий Киевского во имя великомученицы Екатерины мужского монастыря названы две кирпичные церкви – соборная великомученицы Екатерины и деревянная св. Мелетия, флигель для братии, ризница, деревянные конюшни и сараи. К 1902 г. была пристроена каменная церковь св. Филарета Милостивого, связавшая колокольню с Екатерининским храмом. Для сдачи в аренду в 1906 г. на средства Киевского во имя великомученицы Екатерины мужского монастыря на Александрийской площади был построен монастырский доходный дом, в 1912–1913 гг. на месте примыкавшего к обители каменного дома (1878 г.) возведён шестиэтажный доходный дом (архитектор Л. Эйснер). В 1914–1915 гг. возведены новая колокольня (архитектор Л. Эйснер), келейные корпуса (архитектор Фёдор Иванович (Юхан Фредрик) Лидваль). 29 июля 1858 г., в день памяти апостолов Петра и Павла, в Киевском во имя великомученицы Екатерины мужском монастыре был рукоположён во иерея монах Иона (Мирошниченко). С августа 1892 г. по сентябрь 1901 г. в монастыре подвизался иеромонах Амфилохий (Щур; в схиме Алексий; ум. в 1932 г.). В 1914 г. в братии состояло десять человек, в том числе назначенный в 1903 г. настоятелем архимандрит Амфилохий (Аргиракис), иеромонахи Пантелеимон и Николай, иеродиакон, шесть послушников. Киевский во имя великомученицы Екатерины мужской монастырь получал из казны 746 руб. 81 коп. В 1919 г. большевистские власти реквизировали доходные дома Киевского во имя великомученицы Екатерины мужского монастыря на Подоле и торговые палатки на Ярмарочной (ныне Контрактовой) площади, лишив обитель основной статьи доходов – сдачи в аренду недвижимости. В 1920 г. настоятель архимандрит Амфилохий (Аргиракис) обратился к Киевскому епархиальному совету с предложением перевести русских иноков в Киево-Братский в честь Богоявления мужской монастырь ввиду недостаточности средств на содержание всех насельников (Государственный архив Киевской области). Исследователи полагают, что его просьба не была удовлетворена. К началу 1926 г. монашеская община была изгнана с территории Киевского во имя великомученицы Екатерины мужского монастыря, судьба насельников во главе с архимандритом Амфилохием (Аргиракисом) исследователям неизвестна. В монастырских зданиях был открыт Всеукраинский торговый музей. Екатерининский храм обращён в приходский, до 1928 г. в нём служил иеромонах Николай (Завертайло), старостой храма был представитель общины киевских греков Д. Колумбис. В 1928 г. решением президиума Киевского окружного исполнительного комитета все здания Киевского во имя великомученицы Екатерины мужского монастыря были переданы в ведение коммунального хозяйства, а общину сняли с регистрации. Екатерининский храм с примыкавшей церковью св. Филарета Милостивого в 1929 г. снесли под предлогом «аварийного» состояния здания (были незначительные трещины); тогда же разобрали верхние ярусы колокольни.