С 1744 г. Синайский архиепископ Никифор и игумен Евгений ходатайствовали о предоставлении киевской церкви великомученицы Екатерины, при которой уже проживала небольшая монашеская община, статуса самостоятельного монастыря, напрямую подчинённого Синаю. 2 июня 1748 г. архиепископ Синайской горы Константин I, сообщая в Синод о своём вступлении на архиепископскую кафедру, напомнил и о последней воле своего предшественника, архиепископа Никифора: «Да получим совершенное чрез императорскую грамоту утверждение на монастырец наш сущий в Киеве, святой великомученицы девы Екатерины, предписанный (к Синайской горе), по бывшем изначала благословенном изволении». С декабря 1747 г. по благословению киево-печерского архимандрита (впоследствии Киевского митрополита) Тимофея (Щербацкого) игумен Евгений обращался в Синод для решения вопроса о преобразовании Екатерининского прихода в монастырь. В его прошениях отмечалось, что монастырь великомученицы Екатерины основывался с целью преподавания киевским грекам треб и погребения умерших, а также для временного пребывания здесь греческих священнослужителей и монашествующих. 8 марта 1748 г. Синод заслушал доношение покойного Киевского митрополита Рафаила (Заборовского). В нём содержались перевод письма архиепископа Синайской горы Никифора к митрополиту Рафаилу (Заборовскому) и прошение игумена Евгения о преобразовании киевского греческого прихода в Киеве в монастырь. В тот же день Екатерининская церковь была обращена в Екатерининский греческий мужской монастырь с полным подчинением монастырю великомученицы Екатерины на Синайской горе (Иерусалимский патриархат; Центральный государственный исторический архив Киева). С 1748 г. Киевский во имя великомученицы Екатерины мужской монастырь часто именовали «Греческим подворьем». Во второй половине 1750 гг. в нём проживало четыре насельника. По штатам 1764 г. Киевский во имя великомученицы Екатерины мужской монастырь был причислен ко второму классу с 16 штатными служителями. В 1770 г. в обители проживало четыре насельника, в 1775 г. – три, в 1776 г. – два, в 1783 г. – три насельника (два иеромонаха и иеродиакон), в воскресные дни богослужения совершались на греческом языке. К 1785 г. на территории Киевского во имя великомученицы Екатерины мужского монастыря были выстроены трёхкупольная Екатерининская церковь, восемь деревянных братских келий, гостиничные кельи на кирпичном фундаменте, деревянная ограда. По мнению исследователей, одно из келейных помещений было построено во второй половине XVIII в. известным архитектором Иваном Григорьевичем Григоровичем-Барским. 9 декабря 1785 г. Киевский митрополит Самуил (Миславский) разрешил игумену Иакову в течение года собирать милостыню для ремонта построек с обязательством вписывать имена жертвователей в «шнурозапечатанную» книгу, выданную Духовной консисторией. Насельником Киевского во имя великомученицы Екатерины мужского монастыря был обучавшийся в 1790–1794 гг. в Киево-Могилянской академии иеродиакон (впоследствии Константинопольский патриарх) Констанций I. В начале 1796 г. он был вызван в Константинополь, рукоположён во иеромонаха, назначен архимандритом Киевского во имя великомученицы Екатерины мужского монастыря и оставался в этой должности до 1804 г. Он «успел усилить и упрочить монастырские доходы в пользу Синайской обители» и привёл монастырь «в лучшее устройство, внешнее и внутреннее».