В 1169 г. Кесария Каппадокийская перешла под власть иконийских султанов. В 1211 г. город безуспешно осаждал король Киликийской Армении Левон II. В 1243 г. Кесарию захватили монголы. Польский путешественник Симеон описал Кесарию Каппадокийскую как турецко-армянский город с разрушенными домами из сырца, который он видел в 1617 г. В 1895 г. здесь имел место крупный акт геноцида армян. В XIX в. большинство греков покинули Кесарию Каппадокийскую, переселившись в крупные приморские города. В начале ХХ в. Кесарийскому митрополиту подчинялось около 40 тыс. православных. В начале 1920 гг. около 1500 проживавших в Кесарии Каппадокийской греков были вынуждены переселиться в Грецию. В первом Послании апостол Пётр обращается к христианам Каппадокии (1 Петр. 1:1), столицей которой была Кесария Каппадокийская. По преданию, первыми епископами в городе были св. Лонгин Сотник и ученики апостола Павла Аполлон и Епафродит. Точно установлено, что во II в. в Кесарии Каппадокийской жили христиане. Спасаясь от гонения Септимия Севера, Климент Александрийский бежал в Кесарию Каппадокийскую к своему другу епископу Александру и проповедовал там. В первые три века христианства исследователям были известны епископы Феокрит (около 160 г.), Александр (170–211 гг.), Фирмилиан I (около 232 – 268 гг.), Феоктист, Фирмилиан II (269 г.) и Леонтий (285 г.). Епископ Лукий принял здесь мученическую смерть. Епископ Фирмилиан I был одним из крупнейших церковных деятелей своего времени, вёл обширную переписку, в том числе с Карфагенским епископом. По его приглашению Ориген проповедовал в Кесарии Каппадокийской два года. Епископ Фирмилиан I конфликтовал с Римским папой Стефаном I из-за практики повторного крещения еретиков. Римский епископ Дионисий помогал Кесарии Каппадокийской в выкупе захваченных готами пленников. В 235 г. из-за начатого после землетрясения легатом Лицинием Серенианом гонения на христиан многие каппадокийцы бежали в Иерусалим. В это время пострадали мученики Мамант (память 2 сентября), Иулитта (память 31 июля), Варлаам (память 19 ноября), Евпсихий (исследователям известны два мученика Кесарие-Каппадокийских с таким именем, память 9 апреля и 7 сентября), Дамас, Гордий (память 3 января) и безымянные святые, принявшие мученическую смерть при Диоклетиане. Василий Великий привёз в Кесарию Каппадокийскую мощи св. Саввы Готфийского и сорока мучеников Севастийских. Во второй – третьей четверти IV в. Кесария Каппадокийская была митрополией Понтийского диоцеза, занимавшего около половины территории Малой Азии. Именно здесь был поставлен первый епископ Армянской церкви – Григорий Просветитель (возможно, в 314 г.), а также его родственники-преемники (по меньшей мере, до епископства Василия Великого). В Кесарии Каппадокийской проходили антиарианские Соборы в 318, 358 и 371 гг. С 372 г. Кесария Каппадокийская – митрополия провинции Каппадокия Первая с пятью суффраганами: Василика-Ферма, Камулиана, Кискисс, Нисса и Феодосиополь. После вхождения в состав Константинопольского патриархата Кесария Каппадокийская стала первопрестольной митрополией, что отражено в первой нотиции.