Наиболее известными духовными писателями Ордена картузианцев в этот период были приор обители Мерья Гуго из Бальмы (ум. около 1305 г.), подвизавшаяся в обители Премоль Беатриса из Омасьё (конец XIII в.), Лудольф Саксонский (около 1295 – 1377 гг.), Маргарита из Уаньи, приоресса Ла-Сель-Рубо (начало XIV в.). Особо выделяется католический богослов Дионисий Картузианец (около 1402 – 1471 гг.). К 1510 г. Орден картузианцев состоял из 17 провинций, в которых находились 191 мужская и шесть женских обителей. В 1502 г. были обретены мощи св. Бруно Картузианца, что способствовало восстановлению Ордена в Калабрии (в 1513 г.). В 1509 г. приор Франсуа дю Пюи (1503–1521 гг.) составил устав «Tertia Compilatio» («Третья компиляция»). Он был объединён с предшествующими сборниками статутов Ордена («Consuetudines Guigonis», «Statuta antiqua», «Statuta nova») и издан в Базеле в 1510 г. Жаном Амербахом. В этом уставе впервые вводились послабления в дисциплине поста. Во время Реформации 94 обители картузианцев были уничтожены (46 из них навсегда), ликвидированы орденские провинции Саксония и Англия. Во владениях протестантов члены Ордена подвергались гонениям, имущество общин конфисковывалось, многие картузианцы стали мучениками и исповедниками. В Англии в 1535 г., при короле Генрихе VIII Тюдоре, за нежелание отказаться от учения о примате папы Римского были казнены 18 членов Ордена картузианцев (три приора и 15 монахов; беатифицированы в 1886 г., приоры канонизированы в 1970 г.). Во Франции в 1562 г. гугеноты разорили Ла-Гранд-Шартрёз; в течение четырёх лет генеральный капитул не собирался. В католических странах положение Ордена оставалось прочным. По итогам Тридентского собора в 1582 г. был составлен сборник административных статутов картузианцев «Nova Collectio Statutorum» («Новое собрание статутов»); литургическая часть была опубликована отдельно под названием «Ordinarium Cartusiense». В 1597 г. учреждена первая картузианская обитель в Португалии (недалеко от Лиссабона), подчинявшаяся непосредственно Ла-Гранд-Шартрёз. В 1628 г. орденскую провинцию с центром в Женеве переименовали в провинцию Шартрёз, а Ломбардию – в провинцию св. Бруно. В 1648 г. основана картузианская обитель в Великом княжестве Литовском – Картуз-Берёза. В связи с возросшим числом монахов количество келий в Ла-Гранд-Шартрёз было увеличено до 35. С 1636 г. пребывание в статусе доната стало обязательным для конверсов перед прохождением новициата. В 1676 г. обитель Ла-Гранд-Шартрёз вновь полностью сгорела. Её восстановлением занимался приор Иннокентий Ле Массон (1675–1703 гг.), который прославился борьбой с янсенизмом среди членов Ордена картузианцев. При нём в 1679 г. были официально отменены «нижние дома» картузианцев. В этот период Орден стал заниматься пастырской деятельностью и благотворительностью (в Ла-Гранд-Шартрёз бесплатно раздавали нуждающимся еду). С развитием книгопечатания в картузианских обителях вместо скрипториев устраивались типографии. Самыми крупными были типографии в Турне (ныне Бельгия; с 1606 г.), Ла-Гранд-Шартрёз (около 1678 г.), Ла-Коррери (с 1680 г.). Первая половина XVIII в. прошла для Ордена относительно спокойно (только обитель Картуз-Берёза пострадала во время Северной войны). В 1768 г. были закрыты картузианские обители на территории Венецианской республики. В 1772 г. русские войска Александра Васильевича Суворова вновь разорили Картуз-Берёзу. В 1782–1783 гг. император Франц II закрыл больше 20 обителей картузианцев в Австрии, во Фландрии и в Ломбардии.