В 1216 г. по просьбе Франциска Ассизского папа Иннокентий III предоставил кардиналу Уголино право покровительствовать Ордену францисканцев, сделав его первым кардиналом-протектором. Полномочия кардинала Уголино подтвердил следующий папа, Гонорий III. После избрания кардинала Уголино на Папский престол (папа Римский Григорий IX) практика назначения кардинала-протектора для францисканцев закрепилась. В 1279 г. папа Римский Николай III назначил кардинала Маттео Орсини кардиналом-протектором одновременно для мужской и женской ветвей Ордена – для францисканцев и кларисс. В 1298 г. папа Бонифаций VIII утвердил кардинала Джованни Боккамаццу протектором Ордена вильгельмитов. Впоследствии другие монашеские Ордены также получили кардиналов-протекторов, к началу ХХ в. большинство монашеских объединений имело кардинала-протектора. Назначение кардинала-протектора в монашеский Орден или институт посвящённой жизни совершалось папой после обращения руководства Ордена или конгрегации монашествующих, которые избирали кандидата среди кардиналов, как правило, находящихся на служении в Риме. Генеральный настоятель Ордена или конгрегации испрашивал согласие кардинала и в случае утвердительного ответа обращался к папе через государственного секретаря. В XIV в. появляются первые кардиналы-протекторы католических наций и государств, но уже в 1378 г. папа Урбан VI из-за многочисленных злоупотреблений прекратил практику назначения кардиналов-протекторов для государств. В 1424 г. папа Мартин V подтвердил запрет кардиналам принимать под своё покровительство государства, королей и других христианских правителей, а в 1492 г. папа Римский Александр VI установил канонические санкции для нарушителей данного запрета. Однако в 1517 г. папа Лев Х возродил назначение кардиналов-протекторов для католических государств, получив поддержку этого решения на пятом Латеранском соборе. В XVI–XIX вв. кардиналов-протекторов имели Франция, Англия, Испания, Португалия, Австрия, Священная Римская империя, Венгрия, Польша, Шотландия, Ирландия, Швеция, Королевство обеих Сицилий, Сардиния, Генуя, Лукка, Дубровницкая (Рагузинская) республика, Сиена, швейцарский кантон Граубюнден (Гризон) и армянская нация. Кардиналы-протекторы, изначально называемые «кардиналы короны», представляли на проходивших консисториях интересы католических монархов (реже католических республик) при Папском престоле. Это имело особое значение в тех случаях, когда право инвеституры в стране делилось между монархом и папой.