Каллистрат был награждён медалями «За оборону Кавказа» и «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.». Также в анкете Каллистрата, сохранившейся в его личном деле, указано, что он «награды имел до Анны II степени включительно». Очевидно, кроме упомянутого, имеются в виду также орден св. Анны третьей степени и, возможно, орден св. Владимира четвёртой степени. Последнюю литургию Каллистрат служил в Тбилисском Сиони 27 января, за несколько дней до смерти, в день памяти просветительницы Грузии св. Нины. Современники считали, что он предчувствовал свою кончину: Каллистрат пригласил на богослужение весь клир Тбилиси и окрестностей, и когда один из священников, сославшись на занятость, отказался, Каллистрат сказал: «Смотри сам, но потом ты пожалеешь». Каллистрат был погребён 10 февраля 1952 г. в Тбилисском Сиони. Отпевание было проведено при участии представителей РПЦ (митрополит Крутицкий и Коломенский Николай (Ярушевич), архиепископ Симферопольский и Крымский Лука (Войно-Ясенецкий), архиепископ Харьковский и Богодуховский Стефан (Проценко) и др.) и Антиохийского патриархата – настоятель Антиохийского подворья в Москве архимандрит Василий (Самаха). Также присутствовали епископ Саак и два архимандрита от лица Армянской церкви и духовенство Римско-католической церкви, представители от мусульман. 26 октября 1952 г. литургию в Тбилисском Сиони и литию на могиле Каллистрата отслужил находившийся в Грузии с визитом патриарх Алексий I, начавший надгробное слово по-грузински (Во имя Отца и Сына и Святого Духа. Аминь). Современники отмечали скромность Каллистрата, его душевную чистоту. Один из главных политических противников Каллистрата, сподвижник католикоса-патриарха Христофора III, лидер «Группы обновления и реформ» епископ Давид (Качахидзе) ставил Каллистрата выше всех архиереев Грузии. Многие грузинские деятели считали, что патриарший престол в 1932 г. занял самый достойный архиерей. Известный грузинский художник Ладо Давидович Гудиашвили, которому в 1947 г. Каллистрат доверил роспись церкви Квашвети, называл Каллистрата «замечательным человеком, патриотом, образованным, отличным знатоком истории и храмовой росписи, высоко человеколюбивым». Л.Д. Гудиашвили так «восхищался им, что изобразил его лик на фреске среди апостолов…». Личный архив Каллистрата хранится в Институте рукописей имени Корнелия Кекелидзе (НЦРГ). Здесь собраны материалы частного характера и труды Каллистрата, посвящённые истории ГПЦ и Грузии; размышления о поэме Шота Руставели «Витязь в тигровой шкуре» и «Абдулмесиани» Иоанна Шавтели; сочинение Каллистрата «Церковь св. Георгия Квашвети в Тифлисе» (1930 г., опубликована в 1994 г.) и др. В 2001 г. под редакцией митрополита Анании (Джапаридзе) была напечатана часть мемуаров Каллистрата «Из моих воспоминаний», где описано положение ГПЦ во времена Грузинского экзархата, даны характеристики экзархов. Исследователи считают издание важным источником по истории ГПЦ. В честь Каллистрата названа одна из улиц Тбилиси.