Были проведены встречи с представителями Государственной Думы, а также с главой Временного правительства Александром Фёдоровичем Керенским, министром исповеданий Временного правительства Антоном Владимировичем Карташёвым, обер-прокурором Святейшего Синода РПЦ Владимиром Николаевичем Львовым. Переговоры не увенчались успехом: Временное правительство было готово признать автокефалию ГПЦ как национальной, а не территориальной церкви, с сохранением юрисдикции РПЦ на территории Грузинской демократической республики. Каллистрат активно участвовал в подготовке и работе поместного Собора ГПЦ, который прошёл 8–17 сентября 1917 г. в Тифлисе. На Соборе была утверждена автокефалия ГПЦ, избран глава церкви – католикос-патриарх всей Грузии Кирион III (Садзаглишвили), учреждены новые епархии, на которые возведены новоизбранные архиереи. Также на Соборе был основан как совещательный орган при католикосе-патриархе Католикосский совет, Каллистрат стал его членом. После того как католикос-патриарх Амвросий (Хелая) обратился к участникам Генуэзской конференции (апрель 1922 г.) с воззванием, в котором обличал большевистскую власть, 12 января 1923 г. по обвинению в контрреволюционной деятельности ЧК арестовала его и несколько членов Совета – Кутаисско-Гаенатского митрополита Назария (Лежаву), Каллистрата, настоятеля Светицховели священника Павла (Джапаридзе; впоследствии епископ), протоиереев Антония Тотибадзе, Марка Ткемаладзе, Иосифа Мирианашвили, диакона Димитрия Лазарешвили (впоследствии епископ Ниноцминдский). Суд приговорил Каллистрата к трём годам девяти месяцам и 23 дням тюремного заключения с полной конфискацией имущества. Каллистрат содержался в Метехской тюрьме в Тифлисе, год он провёл в одиночной камере. В августе 1924 г. в Тифлисе было подавлено антибольшевистское восстание: многим участникам был вынесен смертный приговор. Однако представители духовенства были помилованы: растущее в Грузии возмущение по поводу содержания в тюрьмах духовных лиц высокого ранга достигло Запада. К большевистскому руководству с ходатайством об их освобождении обратился Кентерберийский архиепископ Рэндалл Дейвидсон. 10 марта 1925 г. Каллистрат по личному распоряжению председателя ЦИК Михаила Ивановича Калинина от 8 марта был досрочно выпущен на свободу. ГПЦ (как и РПЦ) находилась в этот период в тяжёлом положении: церкви закрывались, преследования духовенства продолжались. Большевистское правительство попыталось инспирировать противостояние в самой ГПЦ. Было образовано течение «Реформ и обновления», схожее с течением обновленчества в РПЦ. Грузинские «обновленцы» выступили против католикоса-патриарха Амвросия (Хелая) и Католикосского совета, объявив, что жёсткие по отношению к церкви и верующим действия правительства были направлены лично против фигуры католикоса-патриарха и близких ему лиц, и что в случае их отставки правительство, согласно декларации о свободе совести, предоставит людям возможность свободно посещать храмы. Многие представители грузинского духовенства поддались на провокацию и выступили против Амвросия (Хелая).