Известительные грамоты патриарха Сергия были направлены Константинопольскому патриарху Вениамину I, Александрийскому  патриарху Христофору II, Антиохийскому патриарху Александру III (Тахану) и Иерусалимскому патриарху Тимофею. 21 ноября 1943 г. за литургией, которая состоялась в соборе Богоявления в Елохове в Москве, патриарх Сергий впервые помянул имя Каллистрата. В официальном печатном органе РПЦ «Журнале Московской Патриархии» (№3 за 1944 г.) были размещены все материалы о ликвидации молитвенного и канонического разрыва между ГПЦ и РПЦ, в том числе «Краткие биографические сведения о католикосе-патриархе Каллистрате и об епископах Грузинской Церкви»: о Сухумском митрополите Мелхиседеке (Пхаладзе), Цилканском епископе Тарасии (Канделаки), Ниноцминдском епископе Димитрии (Лазарешвили) и Кутаисско-Гаенатском епископе Ефреме (Сидамонидзе). С глубокой скорбью отнёсся Каллистрат к кончине 15 мая 1944 г. «мудрого кормчего» РПЦ патриарха. Новое «Положение об управлении Грузинской Православной Церковью» было принято 28 марта 1945 г. на церковном Соборе ГПЦ, который возглавлял Каллистрат. В этом документе были определены статус церкви, её административное устройство и законодательная основа. Документ подписали Каллистрат, Урбнисский митрополит Мелхиседек (Пхаладзе), Кутаисско-Гаенатский и Чкондидский епископ Ефрем (Сидамонидзе), Цилканский епископ Тарасий (Канделаки) и Ниноцминдский епископ Димитрий (Лазарешвили). «Положение...» было приведено в соответствие с действующей Конституцией СССР. Согласно ему, ГПЦ включала 15 епархий, в её юрисдикцию также входили грузины, живущие за пределами Грузии, где нет православного епископа. Центральное управление церковью было передано церковному Собору, решавшему вопросы церковного законодательства и суда, избрания Главы ГПЦ, восстановления или закрытия епархиальных кафедр, духовных учебных заведений. Также в «Положении...» были определены состав Синода и его кворум, канонические правила поставления во епископа и принцип старшинства, решены вопросы устройства окружного и приходского управления, состава причта, функций приходского священника, доходов католикоса-патриарха, архиереев и священства. Каллистрат установил конструктивные отношения с созданным в 1947 г. аппаратом уполномоченного по делам религии. В 1951–1952 гг. он поставил перед государством вопрос о возврате церковных реликвий, изъятых в предыдущие годы. Каллистрат активно поддерживал дружественные отношения с новым предстоятелем РПЦ, что стало основой регулярных контактов ГПЦ и РПЦ. 28 января 1945 г. Каллистрат прибыл в Москву и присутствовал на поместном Соборе РПЦ 31 января – 2 февраля 1945 г., избравшем Московским патриархом Ленинградского  митрополита Алексия I (Симанского). Каллистрат обратился к членам Собора с приветственным словом. В числе прочих решений на Соборе было выработано общеправославное обращение «К народам всего мира», подписанное в том числе и Каллистратом, в котором осуждались действия «взывающих к милосердию в отношении гитлеровцев, заливших кровью невинных жертв всю Европу» и преподавалось благословение всей православной церкви на оружие, «обеспечивающее сейчас свободу всем народам».