Инспектор финансовой инспекции Кировского района Тбилиси предъявил Каллистрату ультиматум: «Если Вы не будете платить установленный налог, вопрос будет поставлен на заседании исполкома о расторжении договора с Сионским храмом и его закрытии» (Институт рукописей имени Корнелия Кекелидзе). По этому вопросу Каллистрат не был принят управляющим делами ЦИК В. Мирианашвили. Тогда он обратился с письмом к Председателю Президиума ЦИК СССР М.И. Калинину. Очевидно, решение было принято на самом высоком уровне, и собор остался действующим. Также Каллистрату удалось спасти от закрытия тбилисские церкви Квашвети и Метехи и церкви монастыря Гелати. Каллистрат регулярно обращал внимание советских властей на нарушение закона «О свободе совести». Он писал Первому секретарю ЦК Грузии Кандиду Несторовичу Чарквиани: «Если так будет продолжаться, 1600-летняя Грузинская Церковь перестанет существовать, ибо священнослужители вынуждены прекратить служения…, пока из советской Конституции не изъята статья 124» (Институт рукописей имени Корнелия Кекелидзе). Также Каллистрат каждый год обращался к К.Н. Чарквиани с просьбой о разрешении издать Церковный календарь ГПЦ, молитвослов и церковный устав. Малым тиражом, но календари и молитвословы издавались. 24 июня 1941 г. Каллистрат направил в Президиум Верховного Совета Грузинской ССР и Совнарком Грузинской ССР обращение, в котором выразил возмущение нападением гитлеровской Германии на СССР и от имени своей паствы и духовенства поддержал Правительство СССР в борьбе против врага. Было решено сразу же передать правительству 2 тыс. руб. на нужды фронта, перевод средств был осуществлён в начале июля. 8 февраля 1942 г. И.В. Сталин прислал Каллистрату благодарственную телеграмму: «Тбилиси, Католикосу Грузии Каллистрату. Прошу передать духовенству Католикосата и верующим Грузии моё приветствие и благодарность от Красной Армии за 2 тысячи рублей, которые они собрали для героев-красноармейцев» (Архив Грузинской Патриархии). В годы войны в церкви не прекращался сбор продовольствия, одежды, денег для нужд фронта. Во всех действующих храмах возносились молитвы за воинов. Благодаря тому что в этот период советское правительство смягчило политику в отношении церкви, положение ГПЦ немного улучшилось: было открыто 14 церквей (общее число действующих в Грузии храмов достигло 23). 7 ноября 1942 г. газеты опубликовали юбилейное приветствие иерархов церкви И.В. Сталину в связи с 25-летием Октябрьской революции. Под ним подписались Каллистрат, Местоблюститель Патриаршего престола РПЦ митрополит Сергий (Старгородский), Киевский  митрополит Николай (Ярушевич). В апреле 1944 г. Каллистрату удалось выхлопотать разрешение об освобождении из лагеря епископа Ефрема (Сидамонидзе; в 1960–1972 гг. – католикос-патриарх всей Грузии Ефрем II), протоиерея Иоанна Лозовского, протодиакона Амвросия Ахобадзе. С избранием 8 сентября 1943 г. на вдовствующий патриарший престол РПЦ Сергия (Страгородского) Каллистрат вновь поднял вопрос о признании РПЦ автокефалии ГПЦ. 14 сентября того же года он направил депешу Московскому патриарху, в которой поздравил РПЦ с «её возглавлением Патриархом Московским и всея Руси и избранием Священного при нём Синода» и выразил надежду, что «Церкви-сёстры заживут в добром согласии, духовном единении и взаимной любви, исполняя каждая своё призвание во славу Божию и ко благу великого Отечества».