С 1868 г. Казанский Кизический монастырь возглавляли епископы Чебоксарские, викарии Казанской епархии: в 1868–1874 гг. – Викторин (Любимов), в 1875–1878 гг. – Иоанн (Жданов), в 1878-1882 гг. – Павел (Вильчинский), в 1882–1888 гг. – Кирилл (Орлов), в 1888–1891 гг. – Сергий (Соколов), в 1891–1893 гг. – Никанор (Каменский), при котором в 1891 г. отмечался 200-летний юбилей обители: 29 апреля состоялись торжественное богослужение, молебен, крестный ход. В 1893–1918 гг. Казанский Кизический монастырь возглавляли Чебоксарские епископы: в 1893–1897 гг. Анастасий (Опоцкий), в 1897–1899 гг. Антоний (Храповицкий), в 1899–1902 гг. Иоанн (Алексеев), в 1902–1904 гг. Иоанн (Смирнов), в 1904–1905 гг. Хрисанф (Щетковский), в 1905–1907 гг. Митрофан (Симашкевич), в 1907–1914 гг. Мизаил (Богданов), в 1914–1915 гг. Леонтий (Вимпфен), в 1915–1918 гг. Борис (Шипулин). С осени 1918 г. настоятелем был иеромонах Иннокентий (Ковтун). Со второй половины XIX в. резиденция Чебоксарских епископов находилась в казанском Преображенском монастыре, поэтому фактически обителью управляли уполномоченные викариев, которые иногда назывались наместниками, иногда казначеями. К началу XVIII в. в Казанском Кизическом монастыре проживали 20–30 насельников, в 1740 г. – архимандрит, иеромонах, три иеродиакона, четыре монаха. В 1730–1734 г. длилось разбирательство по делу бывшего игумена Корнилия («за некоторыя на него подозрительства и монастырскому иждевению истощание»). Ссылке в Сибирь и прочим прещениям подвергались игумены Иоиль, Гервасий (январь-декабрь 1736 г.), Варлаам (Высоцкий), Иерофей, архимандрит Павел (1739 г.), игумен Иосиф (1744 г.) и др. В 1738 г. три насельника были биты плетьми за нарушение «реестра», в 1740 г. монахи, не присягнувшие новому императору Ивану VI Антоновичу, оштрафованы на 30 руб. В 1746 г. Казанский епископ Лука (Коношевич) строжайше запретил кизическим монахам «ходить по мирским домам», ибо «от хождения по домам происходит монашескому чину подозрение». В 1745 г. в Казанском Кизическом монастыре проживали восемь монашествующих, псаломщик, три конюха, два сторожа, а также капралы И. Григорьев и В. Акинфеев, в 1763 г. – игумен Иерофей, иеромонах, три иеродиакона, четыре монаха, а также драгун Г. Хрусталёв. В XVIII – начале XIX вв. в Казанский Кизический монастырь ссылались священнослужители и миряне для «вразумления и научения истинной вере, виновные в тяжких преступлениях». Так, в 1743 г. в Казанский Кизический монастырь были сосланы старообрядцы Даниил Окулев и Емельян Семёнов, в 1744 г. – священник Иоанн Семёнов (за «тяжкие погрешности во время церковной службы»), в 1765 г. – иеромонах Арсений, в 1785 г. – дворовый человек В. Максимов и новокрещёный В. Кириллов, в 1786 г. – диакон Симеон Моисеев и артиллерийский канонир Толстой (за убийство жены), в 1787 г. – новокрещёный Я. Яковлев, в 1800 г. – священник Павел Сергеев, служивший в селе Грибоедове Саранского уезда, в 1804 г. – священник Иоанн Васильев, в 1827 г. – крестьяне Петров и Подковыркин (за «содействие к распространению раскола»), в 1829–1830 гг. – несколько «татар, склонных к отпадению для увещевания в правилах Христианской веры» и проч.