В 1687 г. на Казанский край вновь обрушилась эпидемия, которую именовали «трясовичной болезнью». Казанский митрополит Адриан (впоследствии Патриарх Московский и всея Руси), скорбевший о бедствиях, решил молитвенно обратиться к девяти мученикам Кизическим, «которые являют различные целебные дары и избавляют страждущих лихорадкою». Митрополит посетил место встречи в 1654 г. Седмиезерной иконы, нашёл «на бору место прекрасно и к созиданию монастыря и к обитанию угодно» и предложил властям Казанского края основать здесь храм. В 1688 г. митрополит Адриан освятил приходскую деревянную церковь (1687–1688 гг.), в которую многие горожане, получившие исцеление от лихорадки, «делали пожертвования радушно». Позднее он благословил основать при церкви обитель, «чтобы жили там монахи, желающие в чине своём служить Господу Богу». Рядом с храмом были построены деревянные келии, ограда, ископан колодец близ устья реки Комаровки. Городское начальство наделило монастырь землёй, а пожертвования жителей способствовали его процветанию. Считается, что Казанский Кизический монастырь основан в период до августа 1690 г., когда митрополит Адриан был провозглашён Московским патриархом. В «Спириде» особо подчёркивалось, что учреждение Казанского Кизического монастыря относится ко времени служения Адриана на Казанской митрополичьей кафедре: монастырь «устроился в граде Казани, благословением, тщанием же и иждивением великого господина святлейшего и всеблаженнейшего Кир Адриана, архиепископа Московского и всея России и всех стран Патриарха, егда он бысть в царственном граде Казани Митрополитом Казанским и Свияжским». Но в середине – конце XIX в. временем основания Казанского Кизического монастыря ошибочно считался 1691 год: к 1891 г. было приурочено празднование 200-летнего юбилея обители. Исследователи полагают, что по этой причине епископ Никанор считал, что патриарх Адриан взошёл на престол в 1691 г. Исследователи находят примечательным, что в 1694 г. по просьбе патриарха Адриана Дмитрий Савич (Туптало) написал службу девяти Кизическим мученикам для совершения богослужений в храме и монастыре при нём («Врачевство безмездное святых девяточисленных иже в Кизику мученик»). Первым строителем, воплотившим замысел митрополита Адриана, стал иеродиакон Стефан (Сахаров), иногда именовавшийся «протоктитором Казанской Кизической лавры». При нём была построена каменная церковь в честь Введения во храм Пресвятой Богородицы, в обитель переданы два напрестольных креста с частицей Древа Креста Господня, мощами апостолов, русских и греческих мучеников, а также два богато украшенных Евангелия и серебряное кадило. Насельники с благодарностью вспоминали иеродиакона Стефана. В XIX в. в настоятельских покоях хранился портрет-парсуна 1686 г., на котором был изображён иеродиакон Стефан с крестом в правой руке, «горящем сердцем» в левой и надписью: «Согреяся сердце мое во мне и в поучении моем разгорится огнь». По свидетельству иеродиакона Стефана, население помогало устройству обители: «После сего вскоре боголюбивые жители города Казани стали наделять монастырь всякими жертвами и всем, что требовалось. Создали и церковь каменную во имя святых мучеников, ограду и келии для братии и даже для приходящих помолиться ко святым мученикам в храм их обители».