Исследователи полагают, что приёму паломников придавалось большое значение. Патриарх Адриан направил в Казань две грамоты, способствовавшие благоустроению обители. В грамоте 1694 г., адресованной митрополиту Казанскому и Свияжскому Маркеллу, патриарх благословлял «невозбранно износить» на молебен в Казань образ Кизических мучеников вслед за Седмиезерной иконой Богородицы (несмотря на «враждотворство» и «злонравие» чернецов Седмиезерской пустыни). Список с этой грамоты был направлен игумену Ипатию и до XX в. хранился в монастыре. Другая грамота 1695 г. игумену Ипатию давала монастырю право принимать у себя беглых крестьян из домовых вотчин патриарха и селить на монастырских землях. В 1690 гг. Казанский Кизический монастырь служил летней резиденцией Казанского митрополита Маркелла. В 1725 г., после кончины митрополита Казанского и Свияжского Тихона (Воинова), настоятель казанского в честь Преображения Господня мужского монастыря и судья Казанского архиерейского дома архимандрит Иона (Сальников или Сальникеев) самочинно, без ведома Святейшего Синода, приписал его к Преображенской обители. В 1725 г., при новом Казанском  архиепископе Сильвестре (Холмском), кизический игумен Иаков, казанский вице-губернатор Нефед Никитич Кудрявцев и другие инициировали соответствующее разбирательство о «самоуправстве» архимандрита Ионы. В результате архиепископ Сильвестр постановил Казанский Кизический монастырь «с движимым и недвижимым разнаго звания имением всяким ведомством от Спасского монастыря и от безвременнаго Салникеева отнятия и владения отрешить вовсе, и взяв оное имение из Спасскаго монастыря всё сполна, без остатка, отдать игумену Иакову с братией»; при этом Казанский Кизический монастырь оставался приписанным к архиерейскому дому. В 1733 г. архиепископ Казанский и Свияжский Иларион (Рогалевский) восстановил самостоятельность обители. В 1764 г. Казанский Кизический монастырь был возведён в третий класс. В 1888 г. в Казанском Кизическом монастыре было открыто начальное училище с приютом. В 1890 г. по инициативе викарного епископа Чебоксарского Сергия (Соколова) в обители разместилась школа псаломщиков, где обучались юноши, не принадлежавшие к духовному сословию. В 1895 г. для неё был построен специальный корпус. Но результаты деятельности школы были признаны неудовлетворительными, и в 1896 г. в её помещениях открылась Кизическая двухклассная (учительская) церковноприходская школа церковно-учебного ведомства Святейшего Синода. В 1899 г. школа была переведена в село Кощаково Казанского уезда. До 1917 г. при монастыре действовала обычная церковноприходская школа для мальчиков из соседних слобод. Среди настоятелей Казанского Кизического монастыря исследователям известны будущие архиепископы Иероним (Фармаковский; 1765–1766 гг.), Амвросий (Орлин; 1785–1790 гг.) и Варсонофий (Охотин; 1861–1864 гг.). С 1781 г. настоятелям Казанского Кизического монастыря предписывалось регулярно служить с Казанскими архиереями.