В конце сочинения содержится пожелание, чтобы благодаря царю украинские земли были «ограждены от меча и злобы бусурманов». Уже в январе 1683 г. Иоанникий прислал экземпляр своего сочинения царю и просил передать ему взамен «Вечерю душевную» Симеона Полоцкого. Первый (неотредактированный) перевод «Алкорана...» на русский язык был создан в Посольском приказе в августе 1683 г. Литературный перевод сделан переводчиком Посольского приказа Стахием Гадзаловским раньше 1687 г. Отдельную группу сочинений Иоанникия образуют труды, направленные против всех нехристиан: «Алфавит различных еретиков неверных для их просвещения и обращения в кафолическую веру» (Чернигов, 1681 г.) и «Боги поганскии, в болванах мешкаючии, духове злыи, тут же посполу их розмаитии злости написани» (Чернигов, 1686 г.). Трактат «Алфавит…» представляет собой каталог «еретиков» – жанр, популярный в европейской литературе того времени. Сочинение состоит из предисловия-обращения к читателям, предисловия-посвящения гетману Ивану Самойловичу, перечисления «еретиков» с осуждением их деяний и вероучений, изложения догматов православия, двух послесловий, одно из которых адресовано критику – «Зоилу», второе – православному читателю. В конце трактата помещено стихотворное обращение «К еретику». В изложении православного вероучения повторяются пассажи из «Ключа разумения...» и «Мессии правдивого...». Иоанникий не даёт определения ереси, заменяя теоретические рассуждения перечислением «еретиков». Исследователи отмечают пестроту и непоследовательность представленного в труде Иоанникия списка, в котором значатся носители древних и современных Иоанникию христианских ересей, представители разных национальностей (китайцы, японцы), античные мыслители (Демокрит, Эпикур, Пифагор), исторические деятели (Мартин Лютер, Жан Кальвин, Мухаммад, Сенека, Ян Гус, Ян Жижка), ряд философов раннего Нового времени и др. К разряду еретиков Иоанникий относит даже тех, кто не ознаменовал себя интеллектуальными деяниями, например, Ксеркса: тому снился сон, и это дало Иоанникию повод рассуждать о том, что сны бывают как от Бога, так и от дьявола. В сочинении присутствуют выпады против ариан (социниан) в связи с обвинениями католиков в адрес православных в следовании арианству. Иоанникий осуждает пережитки языческих традиций в среде православных (пение колядок, купальские гуляния), подчёркивая, что православное духовенство всегда боролось с такими обычаями. Наиболее резкой критике в книге подвергнуты социниане и мусульмане. В послесловии «Zoilowi» (имя Зоил, ставшее нарицательным для обозначения недоброжелательного критика, Иоанникий поместил в своём каталоге среди еретиков, одержимых демонами) автор пишет, что его сборник проповедей «Ключ разумения...» был подвергнут жёсткой критике: «Пёс один, называемый Зоилом, по невежеству и зависти зубами своими грыз “Ключ...” мой, но не угрыз и поломал себе зубы, потому что мой “Ключ...” похвален всеми учёными людьми, охотно принят Церковью и нашёл многих читателей». Упомянутый Иоанникием критический разбор его книги исследователям неизвестен. В мае 1686 г. в черниговской типографии было напечатано сочинение Иоанникия «Боги поганскии...». Цель создания трактата указана в подзаголовке: «Жебы христиане правоверныи могли от себе злых духов одогнати, и потоптати, и поплевати, и силу их зламати, и над нимы триумфовати».