Кроме того, в исламе всё близко чувственному человеку, а закон Христа непостижим для человеческого разума; мусульманские правители часто вместо податей забирают детей христиан и воспитывают их в исламе; христиане, совершившие преступления, убегают к мусульманам, чтобы, приняв их веру, получить избавление от наказания. Иоанникий излагает пророчество мученика Мефодия о победе христианства над исламом: «И восстанет христианское колено, и будет ратоборствовати с мусульманы, и мечом своим погубит их, и в неволю загонит, и погибнут чада их, и пойдут сынове Измаиловы под меч в пленение и невольное утеснение; отдаст убо им Господь злобу их, яко же они христианом сотвориша». В сочинении приводятся и другие пророчества о падении ислама со ссылками на Цезаря Барония и Фому Брюссельского. Наконец, изложено свидетельство самих мусульман о том, что «полунощный самодержец мечом своим покорит и подчинит своей державе святой град Иерусалим и всё Турецкое царство». Иоанникий на основании этого свидетельства предсказывает скорое падение Османской империи и освобождение греков из-под турецкой власти. Мыслью о необходимости и исторической неизбежности объединения христиан в борьбе за освобождение православных народов от турецкого ига заканчивается книга. Идея была весьма актуальной в начале 1680 гг., когда складывалась антиосманская Священная лига. Исследователям известны рукописные переводы сочинения «Лебедя...» на русский язык. Первый перевод был выполнен в 1683 г., второй перевод принадлежит иноку Далматовского Успенского монастыря Авраамию и был сделан, как предполагают исследователи, по распоряжению царя Петра I в начале XVIII в. (переводчик не знал, кто был автором сочинения). Сохранился отрывок рукописного перевода первого раздела трактата на украинский язык второй половины XVIII в. В начале 1683 г. Иоанникий опубликовал в Чернигове ещё один антимусульманский трактат – «Алкоран Магомета, наукой еретической, иудейской и языческой наполненный. Когелетом Христовым разоблаченный и низвергнутый». Трактат написан в форме диспута между Алкораном (последователем Корана) и Когелетом (проповедником) Христовым. Трактат состоит из 12 разделов, посвящённых критике 12 основ мусульманского вероучения. При изложении главных положений Корана, с текстом которого Иоанникий был знаком, подчёркивается, что именно из Корана мусульмане заимствуют призывы к войне против неверных. Когелет побеждает в диспуте, хотя при этом делает много ошибок, показывающих, что Иоанникий некритически использовал свои источники. В данном произведении, как и в сочинении «Лебедь...», автор передаёт пророчество о том, что некогда северный монарх покорит Турецкое государство, затем последует падение ислама и обращение мусульман ко Христу. Этот подвиг предстоит совершить московскому царю. К последнему обращено предисловие-посвящение книги, в котором Иоанникий, вспоминая, как Тамерлан бежал из России, устрашённый Божьей Матерью, как князь Дмитрий Иванович Донской (которого Иоанникий называет Семешка) разбил татар, как русские покорили Казань и Астрахань, пишет, что современному русскому правителю надлежит довершить начатое. Иоанникий желает, чтобы царь покорил Турцию, освободил из-под власти мусульман Гроб Господень, четырёх восточных патриархов и порабощённые христианские народы. В то же время Иоанникий, ссылаясь на пророчество Фомы Брюссельского, указывает, что Бог обратит ко Христу мусульманские народы не силой, но любовью.