Особой грамотой Иеремия II наделил экзарха теми же правами, которые он раньше предоставил митрополиту. Из Бреста Иеремия II отправился в Замостье, где встретился с епископами, а также издал несколько грамот, регулирующих взаимоотношения между епархиями. Особое внимание он уделил укреплению православных братств. В Вильно патриарх добился издания королём Сигизмундом III грамоты, утверждавшей права Свято-Троицкого виленского братства, а в Замостье защитил права Львовского братства в конфликте с епископом Гедеоном (Балабаном). Деятельность Иеремии II в Западнорусской митрополии получила неоднозначную оценку в историографии. Историки православия в Речи Посполитой митрополит Макарий (Булгаков), П.Н. Жукович, К. Ходыницкий и другие считали, что во многом непоследовательные и небескорыстные действия восточных патриархов (в первую очередь, Иеремии II) способствовали углублению конфликтов среди православных в Польско-Литовском государстве и подтолкнули западнорусских епископов к заключению Брестской унии 1596 г. Однако анализ документов, связанных с вмешательством Иеремии II в дела Западнорусской митрополии в 1588–1589 гг., по мнению исследователей, не подтверждает эту точку зрения. Напротив, они полагают, что поддержка, оказанная Константинопольским патриархом братствам в их противостоянии епископам, выступления первоиерарха против нарушителей канонов, включая низложение митрополита-двоежёнца, свидетельствуют об искреннем и бескорыстном стремлении Иеремии II к исправлению церковной жизни своей западнорусской паствы. Благодаря Иеремии II в Западнорусской митрополии возобновилась практика созыва Соборов с участием архиереев, духовенства и мирян. Сообщение о намерении патриарха созвать такой Собор в Вильно читается в нескольких документах 1588 г. Собор прошёл с участием Иеремии II в 1589 г., на нём обсуждались многие вопросы, в том числе издание православных богослужебных книг. С того времени Соборы в Западнорусской митрополии проводились ежегодно. Деятельность Иеремии II способствовала укреплению среди православных в Речи Посполитой авторитета Константинопольского патриарха как верховного пастыря, стремящегося к устранению нарушений в церковной жизни, а также как учителя, от которого можно ждать наставления в вопросах веры (в 1591 г. львовские братчики просили патриарха прислать его антикатолические сочинения для публикации в братской типографии и использования в полемике с иезуитами). В Константинополь Иеремия II вернулся лишь весной 1590 г. В мае был созван Собор, на котором предстояло утвердить патриаршее достоинство Московского первосвятителя. На этом Соборе в Константинополе присутствовали три восточных патриарха: Иеремия II, Антиохийский Иоаким V Дау и Иерусалимский Софроний IV (1579–1608 гг.). Александрийский патриарх Сильвестр Критянин (1569–1590 гг.)  был болен и к началу Собора скончался. Замещавший его Мелетий I Пига, вскоре ставший новым Александрийским патриархом (1590–1601 гг.), не поддерживал Иеремию II, а потому не был приглашён. На Соборе было 42 митрополита, 19 архиепископов, 20 епископов. Иеремия II должен был оправдывать свои действия в Москве. Собор признал патриарший статус за Русской церковью в целом, а не за одним лишь Иовом, но утвердил за Московским патриархом пятое место в диптихе. Соборную грамоту в Москву отвёз Тырновский митрополит Дионисий. Проведённое в 1970 гг. палеографическое исследование подписей под этой грамотой выявило значительное количество (66 из 106) неподлинных подписей, а также некоторое количество подписей, полученных уже после окончания Собора. Вероятно, Иеремия II пошёл на подлог в расчёте на скорейшее получение милостыни из России и хотел создать более представительное впечатление о Соборе, чем он был на самом деле.