Расчет Иеремии II оправдался: ему была послана щедрая милостыня – омофор, осыпанный жемчугом, золотые богослужебные сосуды, сорок сороков соболей, другие ценные меха. Однако русское правительство было недовольно отсутствием подписи Александрийского патриарха и решением о пятом месте Московского патриарха в диптихе. Поэтому царь Феодор в посланиях к Иеремии II и Александрийскому патриарху Мелетию Пиге настаивал на утверждении грамоты об учреждении патриаршества на Руси Александрийским патриархом и на третьем месте в диптихе. Александрийский патриарх Мелетий, который критиковал Иеремию II за его действия в Москве, изменил своё отношение и на состоявшемся в Константинополе 12 февраля 1593 г. Соборе восточных патриархов признал учреждение патриаршества на Руси. На Соборе ещё раз со ссылкой на 28-е правило Халкидонского собора было подтверждено, что патриаршество в Москве, в городе православного царя, законно, и что в дальнейшем право избрания Московского патриарха будет принадлежать русским архиереям. Тем самым был окончательно решён вопрос об автокефалии Русской православной церкви: Константинопольский собор признал её законной, а Собор 1593 г. подтвердил пятое место русского первосвятителя в диптихе. Отношения с Римско-католической церковью в период патриаршества Иеремии II со стороны греков отличались сдержанностью. Помня печальный опыт своего предшественника патриарха Митрофана III, Иеремия II хотя и переписывался с папой Григорием XIII (1572–1585 гг.)  и даже принимал от него подарки, но переговоров об унии избегал. Католики вели активную работу, направленную на заключение унии с православной церковью. В 1577 г. папа основал в Риме Коллегию св. Афанасия, где могли обучаться православные юноши, преимущественно греки с островов, находившихся под венецианской властью (Хиос, Корфу (Керкира), Крит, Кипр). Поступали туда и выходцы из Константинополя; Иеремия II отправил туда на учёбу двух племянников. Подобные школы иезуиты основывали и на территории Османской империи – в Фессалонике и Смирне (ныне Измир, Турция). Действия Римского престола, направленные на пропаганду идей унии церквей среди православных, не могли не вызвать возражения со стороны Константинополя. В частности, отправка иезуита Антонио Поссевино в Москву в качестве папского представителя в 1582 г., пытавшегося склонить к унии царя Иоанна IV; основание тем же Поссевино Папской коллегии на территории Литовского княжества в Вильно, где могли учиться и русские, принявшие католичество; перевод на греческий, издание и распространение среди греков в Османской империи актов Ферраро-Флорентийского и Тридентского соборов и прочие действия, призванные внедрять идею унии среди православных. Одной из тем переписки между Иеремией II и папой Григорием XIII была реформа календаря, проведённая папой в октябре 1582 г. Это событие не стало неожиданностью для Иеремии II, поскольку в мае того же года он был извещён о реформе папским легатом Ливием Челлини де Фолиньо. Первоначально Иеремия II отнёсся к проекту реформы положительно и был согласен её принять (во всяком случае, так сообщал де Фолиньо в письмах кардиналу Джироламо Сирлето). В феврале 1583 г. Григорий XIII направил патриарху официальное обращение с предложением принять реформу, где изложил её мотивы, указав, что этот вопрос уже поднимался на Соборе во Флоренции. Ответ Иеремии II сопровождался драгоценными дарами: перстом Иоанна Златоуста и рукой Андрея Критского. Иеремия II просил отложить введение нового календаря на два года, «чтобы наши братья совершенно не беспокоились по поводу реформы в течение этого срока». В письме дожу Николо да Понте Иеремия II предостерегал, что следует избегать нововведений, поскольку они могут привести к смущению среди паствы и даже к расколам.