23 января в Успенский собор прибыли Иеремия II и члены Освященного Собора, за исключением митрополита Иова. В приделе в честь Похвалы Богородицы, традиционном месте избрания кандидатов в митрополиты, было совершено избрание трёх кандидатов на патриаршество. Затем все участвовавшие в выборах архиереи во главе с Иеремией II прибыли во дворец. Здесь Иеремия II доложил царю о кандидатах, и Феодор Иоаннович выбрал Иова. Только после этого избранного патриарха Московского призвали во дворец, и он впервые встретился с Иеремией II. Здесь же, в царских палатах (а не в Успенском соборе, как предусматривалось в чине, согласованном с Иеремией II) состоялось наречение Иова в патриархи (1589–1605 гг.). В Успенском соборе Иеремия II и наречённый патриарх Иов отслужили краткий молебен. Поставление первого русского патриарха происходило в Успенском соборе Московского Кремля 26 января 1589 г.; Иеремия II с сонмом архиереев совершил над Иовом полную архиерейскую хиротонию. В первых числах февраля Иеремия II несколько дней провёл в Троице-Сергиевой лавре, с началом Великого поста вновь обратился с просьбой отпустить его в Константинополь, однако Борис Годунов, ссылаясь на трудности пути зимой, уговорил его подождать ещё некоторое время. Это было необходимо, чтобы подготовить для подписания Иеремией II документа об учреждении патриаршества в Москве – так называемую Уложенную грамоту. Характерной деталью этой грамоты, составленной в царской канцелярии, является упоминание о согласии всех восточных патриархов на учреждение в Москве патриаршества, что на тот момент не соответствовало действительности. Следующим этапом утверждения Московского патриарха должно было стать внесение его в патриаршие диптихи на достаточно высокое место. Русские претендовали на то, чтобы Московский патриарх поминался в третьем диптихе, после Константинопольского и Александрийского, перед Антиохийским и Иерусалимским патриархами. После подписания грамоты Иеремия II, получив от царя щедрые подарки (в том числе 1 тыс. руб. на строительство здания патриархии в Константинополе), уехал в мае 1589 г. из Москвы. 15 июля Иеремия II прибыл в Вильно, где к этому времени уже находились митрополит Онисифор, епископы и значительная часть священнослужителей. Недавно вступивший на престол король Сигизмунд III (1587–1632 гг.) по просьбе князя Острожского дал патриарху универсал, которым подчинил ему всех духовных лиц православного вероисповедания и предоставил свободу суда в делах Западнорусской митрополии. 21 июля Иеремия II издал окружную грамоту ко всем епископам митрополии с требованием низложить священников двоежёнцев и троежёнцев. Иеремия II вместе с западнорусскими архиереями низложил митрополита Онисифора как двоежёнца. 27 июля король Сигизмунд III пожаловал грамоту на митрополию архимандриту минского Вознесенского монастыря Михаилу (Рогозе). Иеремия II сначала отказывался рукополагать архимандрита Михаила, но затем согласился под давлением власти, предупредив, что не берёт на себя ответственность за этот выбор. Хиротония состоялась в Вильно 1 августа 1589 г. В связи с поставлением нового митрополита Иеремия II издал грамоту ко всем православным о непозволительности под угрозой отлучения кому-либо из духовных лиц самовольно священнодействовать и собирать милостыню в польских землях. 6 августа Иеремия II прибыл в Брест, на литургии в день Преображения Господня поставил своим экзархом Луцкого епископа Кирилла (Терлецкого). В изданной в тот же день грамоте он предоставил экзарху право надзирать за западнорусскими священниками и судить их. Грамота была подписана также Киевским митрополитом Михаилом и большинством епископов митрополии. Введением в Западнорусской митрополии должности патриаршего экзарха Иеремия II стремился создать противовес власти митрополита Михаила, не вызывавшего у него доверия, и обеспечить контроль над положением в митрополии.