В июле 1583 г. патриарх подтвердил свой отказ от реформы в письме киевскому воеводе князю Константину Константиновичу Острожскому, с которым раньше переписывался по поводу подготовки к первому печатному изданию славянской Библии в 1581 г. Князь (чьи дети были католиками и который благосклонно относился к идее календарной реформы) переслал Антонио Поссевино письмо Иеремии II для перевода его на латынь. Сам Поссевино написал патриарху пространное письмо о преимуществах перехода на новый календарь. В августе 1583 г. Иеремия II пытался воспрепятствовать введению нового календаря среди православных общин в Молдавии, предупреждал армянские общины в Польше и православных в Западной Руси о неприемлемости григорианской реформы. Однако группа иерархов в Галиции, склонных к унии, воспротивилась призывам Иеремии II. В послании Львовского епископа Гедеона (Балабана) к пастве предписывалось принять реформу, введённую польским королём Стефаном Баторием (позже он разрешил своим подданным использовать тот или иной календарь на выбор). Наконец, в письме Гавриилу Севиру, датированном июлем 1588 г., Иеремия II ответил на просьбу греческой общины в Венеции перейти на григорианский календарь категорическим отказом. Отношения с протестантами, которые также не приняли григорианскую реформу в период правления Иеремии II, были активными. Ещё Филипп Меланхтон, ученик Мартина Лютера, интересовался греческой культурой и искал контакта с Константинополем. Незадолго до смерти (в 1560 г.) Меланхтон познакомился с черногорским клириком Димитрием, который согласился отвезти в Константинополь Аугсбургское исповедание, переведённое на греческий язык учёным-эллинистом Павлом Дольциусом. Константинопольский патриарх Иоасаф II (1556–1565 гг.), прочитав исповедание, был смущён многими его положениями, но, не желая портить отношения с лютеранами, не ответил, как будто письма не получал. В 1570 г. в Константинополь прибыл посол Габсбургов Давид фон Унгнад. Вместе с ним приехал лютеранский учёный Герлах, имевший тесные контакты с протестантскими университетами Германии. Герлах подружился с протонотарием Великой церкви Феодосием Зигомалой, который представил его патриарху. Герлах познакомил Зигомалу с Крузием. Через Зигомалу Крузий вступил в переписку с Иеремией II, что повлекло за собой установление более тесных контактов Греческой церкви с лютеранами. В 1574 г. при посредничестве Унгнада и Герлаха из Германии в Константинополь были высланы шесть копий Аугсбургского исповедания. К патриаршей копии лютеранские богословы приложили письмо, в котором говорилось, что, по их пониманию, они приняли и сохранили веру апостольскую и св. отцов, которая была утверждена на Вселенских соборах. 24 марта 1575 г. Герлах лично передал Иеремии II греческий перевод Аугсбургского исповедания и письма Крузия и Якоба Андреа. Теперь уже Константинопольская церковь не могла игнорировать вероучительное послание лютеран, т.к. Унгнад и Герлах настойчиво просили дать на него ответ. Посовещавшись со Священным Синодом, Иеремия II при помощи Ф. Зигомалы и его отца Иоанна составил полный ответ, представлявший собой комментарии на 21 статью исповедания. Письмо Иеремии II было доставлено в Германию в 1576 г. Крузий и богослов А. Озиандер составили ответ на возражения патриарха, пытаясь доказать, что их взгляды мало отличаются от точки зрения Иеремии II. Письмо пришло в Константинополь, вероятно, около 1578 г. Иеремия II по настоянию Герлаха написал ответ, где чётко обозначил неприемлемые для православной церкви пункты: Filioque, оправдание одной верой, признание только двух таинств вместо семи, отказ от почитания икон и мощей. В июне 1580 г. лютеранские богословы, собравшись в Виттенберге, составили новое письмо в примирительном тоне. Ответ на него Иеремия II написал, по-видимому, в 1581 г., после своего возвращения на престол. Патриарх ещё раз перечислил пункты разногласий, указал на то, что, судя по всему, их не преодолеть, и просил лютеран больше не писать ему по догматическим вопросам. На следующее письмо лютеран, почти повторявшее предыдущее, Иеремия II не ответил.