Смертельным врагом Златоуста был Феофил Александрийский (384–412 гг.). В Египте среди массы монахов-антропоморфистов оказались «Длинные братья» – оригенисты. Феофил стал их теснить, отлучил от церкви, братья обратились за помощью к Златоусту, и тот не отказал в поддержке. Иоанн разрешил им посещать церковь, хотя и не допустил к причастию вплоть до выяснения причин их отлучения. Когда известие об этом дошло до Александрии, Феофил обвинил Златоуста в нарушении одного из правил Первого Вселенского собора, запрещавшего допускать к общению отлучённого кем-либо из епископов, и начал кампанию рассылкой посланий, в которых «явно порицал только сочинения Оригена». По его совету Епифаний Кипрский (310/332 – 403 гг.) явился в Константинополь, где выступил с осуждением книг Оригена и его сторонника Иоанна Златоуста. Выступление успеха не имело, но Феофил добился от императора Аркадия созыва Собора против столичного архиепископа («Собор под Дубом»), который состоялся в предместье Халкидона под Дубом в 403 г. Как раз в это время Иоанн окончательно рассорился с Евдокией. Причиной ссоры послужило следующее происшествие: императрица присвоила себе виноградник, принадлежавший какой-то вдове; Иоанн в наказание не допустил её в церковь во время праздника Воздвижения Честного Креста. После этого публичного унижения императрица приложила все силы для того, чтобы низложить Иоанна. Тяжба с Александрийским архиепископом пришлась для неё очень кстати. Столичная знать и клир были на её стороне, и суровому пастырю припомнили все его обиды. Против Златоуста был составлен длинный список обвинений, большей частью ложных или грубо преувеличенных. Слабовольный Аркадий, находившийся под сильным влиянием жены, изменил своё прежнее благосклонное отношение к архиепископу и перестал его поддерживать. Тем временем Евдокии и Феофилу удалось найти двух низложенных Златоустом диаконов, которые согласились против него лжесвидетельствовать. На «Собор под Дубом» съехались епископы, большей частью враждебно настроенные против Иоанна Златоуста. Собор осудил его по самым мелочным и ложным обвинениям, в частности, за то, что «не знает гостеприимства». Однако Иоанн отказался предстать перед этим судилищем и за этот отказ, а также  с помощью принятых мер был низложен. Чтобы не дать повода для народных волнений, он тайно отдался в руки властей и был отправлен в ссылку. Но вскоре произошло землетрясение, народные волнения в столице (а также встревоженный этим знамением Аркадий) заставили власти вернуть Иоанна Златоуста (который пробыл в изгнании всего сутки) и восстановить на престоле. До пересмотра дела на Соборе он не решался занять кафедру, но народ стал поносить царствующих особ, принудив его уступить. Собор продолжал свои заседания и расправу с друзьями Златоуста, поскольку его поведение вызвало кровавое столкновение между константинопольцами и александрийцами. Феофил бежал в Александрию. Однако ссылка не изменила Иоанна и, когда на ипподроме была воздвигнута серебряная статуя императрицы, Иоанн произнёс свою знаменитую проповедь, намекая на жену Ирода Великого Иродиаду, по требованию которой был обезглавлен Иоанн Креститель. Проповедь начиналась словами: «Ещё живо потомство Иезавели, ещё Иродиада беснуется, вновь возмущается, вновь пляшет, вновь требует главы Иоанна на блюде. Всё стремится к нечестию… Эта плотская женщина нападает на дух. Она предаётся наслаждению бань и благовоний; она обнимается со своим мужем, она ведёт войну с церковью чистою и непорочною…»