Кризисные явления в жизни христиан Икония нарастают к концу XIII в. из-за анархии в султанате и притеснений христиан: Константинопольский патриарх Григорий II (1283–1289 гг.) жаловался на бедность митрополита Икония. В 1327 г. патриарх Исаия передал в ведение митрополита Кесарии Каппадокийской, экзарха всей Анатолии, митрополии Евхаиты, Севастии, Икония, Мокисса и архиепископство Назианз. Это означает, что кафедра Икония, как и остальные из перечисленных, длительное время вдовствовала. Аналогичное распоряжение было издано патриархом Филофеем Коккином в 1365 г. Однако митрополит Кесарии Каппадокийской оставался в Константинополе. Избранный в 1370 г. новый митрополит Икония Маркелл также предпочёл своей обнищавшей кафедре пост игумена в одном из монастырей в Константинополе, за что и был смещён в 1380 г. Невозможность для митрополитов Икония или их местоблюстителей осуществлять свои пастырские обязанности привела к тому, что между 1368 и 1370 гг. в Иконии совершал незаконные рукоположения Павел Палеолог Тагарис, экзарх Антиохийского патриарха, позднее выдававший себя за Иерусалимского патриарха. В 1370 г. в Иконий из Константинополя отправили митрополитов Афанасия Кесарийского и Иоанникия Мокисского, чтобы отменить рукоположения Тагариса. Поставленный в 1382 г. новый митрополит Икония предпочёл уехать в Атталию. Последним известным исследователям митрополитом Икония византийской эпохи был Феодосий (1392–1393 гг.). С конца XIII в. до 1369 г. статус кафедры Икония среди митрополий Константинопольского патриархата был понижен до 29-го места. Однако митрополия выжила и в числе немногих малоазийских епархий вошла с повышением до 16-го места в списки митрополий Константинопольского патриархата периода турецкого владычества. По данным османских кадастров, в 1520–1530 гг. в Иконии было лишь 22 двора христиан, что составило 2% от общего числа дворов). Своим выживанием митрополия Икония обязана тому, что в округе города располагалось немало деревень с греческим населением. Греческий диалект деревни Силле близ Икония по своему значению для изучения живого греческого языка османского периода уступает только понтийскому и каппадокийскому греческим анклавам. После 1721 г. кафедра Икония, митрополиты которой в тот период часто управляли также митрополиями Тианы и Писидии, была перемещена в город Нигде. Митрополия была упразднена в 1923 г., после обмена населением между Грецией и Турцией. В Конье не сохранилось византийских памятников, хотя исследователям известно, что здесь находились церковь святого Георгия, храм святителя Амфилохия (XI в.), а в ранневизантийскую эпоху – храмы Святой Софии и святого Иоанна Крестителя (утрачена и сельджукская цитадель, в которой находился храм Преображения Господня). В окрестностях Икония сохранились развалины крепости Кавалла, церкви Богородицы Спилеотиссы и остатки монастыря святого Харитона (персид.: Дейр-и-Эфлатун, тур.: Акманастыр), где Руми беседовал с монахами и представителями других церквей, вырубленных в скалах возле Силле (многие из них остаются не идентифицированными).