В 963 г. войско арабов из Тарса вновь появилось под Иконием, но город они уже взять не смогли. Сохранились два письма Константинопольского патриарха Николая I Мистика, связанные с Иконием. Секретное письмо было отправлено им Андронику Дуке в Каваллу в 906 г. (подлинность документа вызывает у исследователей сомнения). Второе письмо (около 916 г.) было адресовано не известному исследователям по имени митрополиту Икония в его поддержку в конфликте с местным динатом из семейства Катафлоронов. В 1069 г. Иконий подвергся нашествию тюрок-сельджуков. В 1073 г., в период кризиса византийской государственности в Анатолии, в Иконии, по свидетельствам Михаила Атталиата и Продолжателя Скилицы, начался мятеж Русселя де Байоля. Согласно сельджукской исторической традиции, Иконий и Кавалла были первыми крепостями, которые не раньше 1075 г. захватил сельджукский султан Сулейман ибн Куталмыш, основатель Румского султаната. Первоначально Сулейман ибн Куталмыш признавал сюзеренитет империи, но уже в 1081 г., после захвата византийского престола императором Алексеем I Комнином, провозгласил себя независимым правителем. Столицей Румского султаната стала Никея; однако в 1097 г. участники первого Крестового похода захватили город. Преемник Сулеймана Кылыч Арслан I в битве при Дорилее (ныне Эскишехир) 1 июля 1097 г. был разбит. По пути через Малую Азию крестоносцы заняли Иконий, не встретив сопротивления. Вскоре сельджуки вновь захватили Иконий, и султан Малик-шах сделал город столицей Румского султаната. В августе 1111 г. крестоносная экспедиция графа Гийома Неверского безуспешно штурмовала Иконий; отсутствие воды и поражение при Германикополе (ныне Эрменек) заставили остатки армии крестоносцев бежать в Антиохию. Новая попытка взять Иконий с помощью войск герцога Гийома IX Аквитанского и графа Пуатье, герцога Вельфа VI Баварского и графини Иды, вдовы маркграфа Леопольда II Австрийского, также была безуспешной. Византийская армия неоднократно приближалась к Иконию (в 1116 и в 1146 гг. под предводительством Алексея I и Мануила I Комнинов), но не захватила город. В 1190 г. крестоносному войску германского императора Фридриха I Барбароссы удалось взять Иконий штурмом; у султана Кутбаддина Малик-шаха осталась только крепость. Однако Фридрих I Барбаросса предпочёл заключить с султаном мир, чтобы пройти с войском дальше на восток в Киликию. С этого момента Иконий, получивший тюркизированное название Конья, навсегда остался мусульманским городом. Под властью сельджукских султанов город был значительно расширен и украшен новыми постройками, особенно при наиболее могущественном султане Алааддине Кай-Кубаде I (1220–1237 гг.). Иконий стал центром мусульманской иммиграции из Средней Азии; в Иконии жил, творил и умер Джалаледдин Руми (1207–1273 гг.), основатель суфийского Ордена мевлеви, чья мистическая поэма «Маснави» («Парно рифмующиеся строки») была названа «Кораном на персидском».