В 1243 г. султан Гийасаддин Кай-Хосров II потерпел поражение от монголов в битве у горы Кёседаг; султанат стал данником Золотой Орды, а после 1256 г. – государства Ильханов в Иране. Установление монгольской власти в сельджукской части Малой Азии резко ослабило власть султанов, и Румский султанат стал распадаться на бейлики (отдельные полукочевые государства). В 1307 г. султанат был упразднён монголами; с 1322 г. Иконий находился под управлением бейлика Караманидов. Османы впервые захватили Иконий летом 1391 г. Осенью 1397 г. османский султан Баязид I стал правителем всех земель Караманогулларов, а эмира Алааддина ибн Халиля, под чьим началом находилась эта территория, казнил. После поражения османов в битве при Анкаре в 1402 г. эмир Тимур восстановил прежние владения Караманидов, включая Иконий. Город был вновь занят османами только при султане Мехмеде II Фатихе в 1468 г. В 1475 г. бейлик Караманидов был окончательно завоёван; на месте древней провинции Ликаония возник вилайет Караман Османской империи. Иконий, который перешёл под власть мусульман, стал восприниматься византийцами как враждебный город (в византийском эпосе о Дигенисе Акрите Иконий перечисляется среди тех городов, которые завоевал Дигенис; упомянута дань Иконию, т.е. Румскому султанату). Тем не менее, это не означало немедленного упадка православной общины Икония. В то время как многие иерархи сельджукских областей Малой Азии проживали в Константинополе, подписи митрополитов Икония (митрополит Евстафий в 1094–1095 гг., не известный исследователям по имени митрополит в 1166 г., митрополит Иоанн в 1177 г.) исследователи редко встречают среди подписей членов Священного Синода Константинопольской патриархии. Исследователи полагают, что митрополит Икония не был постоянным членом Синода и несомненно пребывал на своей кафедре. Христиане играли значительную роль в Румском султанате, нередко достигая высоких должностей; сельджукские султаны имели греческих секретарей; наконец, Иконий был местом, куда часто бежали опальные византийские аристократы. В этих условиях роль митрополита как посредника между христианами и мусульманскими властями в Анатолии возрастала: в 1256 г. не известный исследователям по имени митрополит Икония приехал в Никею, чтобы заступиться перед Никейским императором Феодором II Дукой Ласкарем за опального Михаила Палеолога (будущего императора Михаила VIII), в то время бежавшего в Рум. Распад Византийской империи после 1204 г. не изменил положения руми (православных греков султаната): они признавали своим императором Феодора I Ласкаря (притом что султан оставался их непосредственным повелителем), а своим духовным главой – патриарха Никеи. Константинопольский патриарх Герман II (1223–1240 гг.) разбирал случай незаконного захоронения без ведома митрополита некоего Михаила Ксира в нартексе церкви святого Георгия в Иконии, что было бы невозможным без поддержания устойчивых связей между Никеей и Иконием.