В 1754 г. по указу митрополита Арсения (Мацеевича) Свято-Троицкий собор был переосвящён в Зачатиевский, Зачатиевский придел собора был посвящён Иакову. В 1779 г. каменную сень над гробницей Иакова разобрали; новая деревянная резная сень в 1780 г. была покрыта червонным золотом. В 1824–1827 гг. к Зачатиевскому собору вместо придела во имя Иакова вплотную был пристроен посвящённый Иакову храм, архитектурный облик которого был определён императором Александром I в 1823 г., во время поездки к святыням Ростова. Построенный на средства графини Анны Алексеевны Орловой-Чесменской храм был освящён в 1836 г. Московским митрополитом Филаретом (Дроздовым). В 1845 г. над могилой Иакова, в сквозной нише у северной стены Зачатиевского собора (устроенной из оконного проёма XVII в.), была установлена кованая серебряная рака, созданная на средства графини А.А. Орловой-Чесменской (раку поместили так, что поклониться мощам Иакова было возможно как в Зачатиевском соборе, так и у южной стены Иаковлевской церкви), сень была разобрана. Поверх четырёхугольной раки, стоявшей на белокаменном постаменте, лежала кипарисовая доска с изображением суда Иакова над грешницей. По сторонам раки были представлены чудеса святителя и начертаны сведения о его жизни. В 1912 г. епископ Иосиф (Петровых) под Иаковлевской церковью устроил Воскресенский храм с Гробом Господним наподобие иерусалимского храма (здесь также есть повторения Вифлеемской пещеры, Голгофы и темницы Спасителя). В Воскресенском храме справа, над погребением Иакова, в нише фундамента, было устроено мраморное надгробие, над которым помещалось изображение Иакова, почивающего в гробу, написанное маслом на цинке. Могила Иакова не вскрывалась, однако в 1920 гг. рака была изъята из Зачатиевского собора. После возрождения обители в 1991 г. надгробный комплекс Иакова был восстановлен в Иаковлевской церкви: там устроена деревянная рака с изображением святителя на крышке, в 2000 г. раку украсили резной деревянной сенью. Почитание Иакова известно исследователям с конца XV в. Его имя исследователи встречают среди имён других русских святых в месяцеслове 1487 г. Общерусская канонизация Иакова состоялась на соборе в 1549 г. В 1563 г. царь Иван IV Васильевич писал, что русские войска взяли Полоцк молитвами всех русских святых, в том числе семи ростовских, среди которых назван Иаков. В святцах Псалтири с восследованием (М., 1658 г.) память Иакова отсутствует. Однако в Псалтири с восследованием, изданной в 1681 г., память Иакова указана, что, по мнению исследователей, связано с деятельностью ростовского митрополита Ионы (Сысоевича). Во второй половине XVIII в. почитание Иакова стало более активным в связи с канонизацией в 1757 г. Дмитрия (Савича (Туптало)), Ростовского митрополита, гробница которого также находится в Зачатиевском соборе Спасо-Иаковлевского монастыря. По мнению исследователей, составление «Жития Иакова» в 1762 г. связано с канонизацией святителя Димитрия (Савича). В ростовских святцах в качестве дней памяти Иакова названы 6, 7, 12 февраля и 22, 27 ноября.