По свидетельству Ордерика Виталия, монастырю оказывала покровительство шотландская королева св. Маргарита (1070–1093 гг.): «Среди прочих благих дел, которые совершила благородная госпожа: монастырь Иона..., разрушенный силою времени и бурями сражений, верная королева отстроила и восстановила, пожаловав монахам богатые дары для совершения Божьих дел». В 1098 г. король Норвегии Магнус III (1093–1103 гг.), закрепляя власть Норвегии над Гебридскими островами, посетил «Святой остров (Иону) и обещал мир и безопасность всем людям и сохранность всему добру». В 1156 г. остров Иона вошёл в состав владений правителя Гебридских островов Сомарлида, который попытался возобновить отношения между монастырём Иона и ирландской конгрегацией с центром в Дайре (1164 г.). В состав направленной в Ирландию делегации входили архипресвитер (sacart mór), глава школы (fer léiginn), настоятель пустыни (dísertach) и глава общины Кели Де. Шотландский король Вильгельм I Лев, опасаясь союза Сомарлида с ирландскими князьями, конфисковал принадлежавшие Ионе церкви в области Галловей. Несмотря на это, аббаты Ионы продолжали поддерживать отношения с ирландскими князьями и со скандинавскими правителями островов (записи в анналах под 1174, 1188, 1200 гг.). В 1203 г. Рагналл, сын Сомарлида, при поддержке аббата Келлаха преобразовал обитель в бенедиктинский монастырь, учреждение которого было подтверждено папской грамотой от 9 декабря 1203 г. Введение иностранного устава вызвало негативную реакцию ирландских иерархов, которые сочли, что реформа была проведена «безо всякого на то права, в оскорбление общины Ионы» («gach nach dligedh, tar sarughudh muinnteri Ia»). Согласно «Ольстерским анналам», церковные иерархи из Северной Ирландии, в том числе аббат Дайре Амалгад Уа Фергал, «разрушили монастырь в соответствии с правом церкви» («do reir dlighidh na h-ecailsi»), после чего Амалгад вступил во владение обителью «по выбору скандинавов и ирландцев». По мнению Р. Шарпа, захват Ионы ирландскими клириками был последней попыткой сохранить остатки «общины Колумбы», удерживая контроль над островом. Однако попытка оказалась неудачной – бенедиктинский монастырь был вскоре восстановлен (упоминается в папской грамоте 1249 г.), на острове возникла также женская августинская обитель, настоятельницей которой стала дочь Сомарлида Беатриса (Бетаг). В XIII–XV вв. монастырь Иона не был подчинён никакому епископству, являлся крупным духовным и культурным центром, усыпальницей правителей и клановых вождей Западной Шотландии и Гебридских островов. К этому времени относится строительство архитектурного ансамбля мужского монастыря с однонефной церковью с трансептом и башней над средокрестием, клуатром, залом капитула, дормиторием и другими помещениями (реставрированы в 1938–1959 гг. под руководством И. Линдсея), а также создание многочисленных резных надгробий. От XIII в. сохранились руины комплекса женской обители (двухнефный храм, клуатр, рефекторий, зал капитула) и приходская церковь св. Ронана. В 1499 г. монастырь был подчинён епископству Содора и острова Мэн, после чего на острове Иона разместилась епископская кафедра. После Реформации в Шотландии (1560–1561 гг.) аббатство продолжало функционировать как резиденция епископа, однако в XVII в. пришло в упадок, в 1642 г. сторонники пресвитерианства повредили монастырские здания. Дж. Кемпбелл, восьмой герцог Аргайл (1823–1900 гг.), передал руины аббатства пресвитерианской Шотландской церкви, после чего были начаты восстановительные работы.