Многие горожане были убиты, разрушены дворцы царя и царевичей, многие церкви, пушечный завод, арсенал, монетный двор, серные бани, почти все жилые дома; персы реквизировали царскую казну и царскую библиотеку. Карательные отряды действовали по всей территории Картли-Кахети, убивали и угоняли в плен население; в Ахтале были разрушены сереброплавильный и медноплавильный заводы. Ираклий II не смог вернуться в разрушенную столицу; остаток жизни он провёл в Телави. 11(24) сентября ГПЦ отмечает день поминовения Крцанисских убиенных. В последние годы царствования Ираклий II составил особую покаянную молитву, текст которой преподаватель Тифлисской духовной семинарии Григол  Перадзе; впоследствии Григорий (Перадзе) нашёл среди рукописей и издал в 1898 г. в «Духовном вестнике Грузинского Экзархата». Г. Перадзе называет Ираклия II печальником, молитвенником и ходатаем перед Богом за свой народ, царём-героем, избавителем Грузии, подобным пророку Моисею. По его мнению, Ираклий II «спас Грузию от исчезновения с лица земли, приютив её под мощный покров единоверных русских Государей» и выразил в молитве «мысль о наступлении лучшей и светлой будущности Грузии... под покровом России, имевшей освободить её окончательно от бедствий и искушений и дать в ней торжество Православию». Большую часть жизни Ираклий II провёл в военных походах и часто жил как солдат. В народе за невысокий рост его прозвали Патара Кахи (Маленький Кахетинец). Ираклий II был похоронен через сорок дней после кончины, 22 февраля, в Светицховели, справа от амвона. Позже рядом с ним был захоронен один из его сыновей, последний царь Картли-Кахети Георгий XII. В 1812 г. по приказу российского императора Александра I главноначальствующим в Грузии маркизом Филиппом Осиповичем Паулуччи над могилой Ираклия II была установлена плита с надписью на русском языке, в 1968 г. рядом была положена другая, с надписью на грузинском языке, с изображением меча и щита. В 1898 г., в год столетия со дня кончины Ираклия II, в Мцхете и Тифлисе были устроены многодневные празднования. На заупокойных богослужениях в Светицховели (11 января и 22 февраля) присутствовали экзарх Грузии архиепископ Владимир (Богоявленский) и представители высшего грузинского духовенства и дворянства, представители грузинских городов, а также католиков и мусульман (число молящихся превышало 5 тыс.); три хора (экзарший, Тифлисской духовной семинарии и дворянской школы) исполняли песнопения на грузинском и церковнославянском языках. В Светицховели сохранилась фреска с изображением коронования Ираклия II, который представлен в национальной одежде. Царствование Ираклия II до 1780 г. описано историком XVIII в. Оманом Херхеулидзе. Ираклию II как царю и полководцу посвящены многие поэтические сочинения (наиболее известна поэма Николоза Бараташвили «Беди Картлиса» («Судьба Картли») о Крцанисской битве, 1839 г.) и народные песни (изданы С. Цаишвили в 1942 г.). Яков Гогебашвили написал несколько рассказов об Ираклии II для грузинской азбуки «Деда-эна» («Мать-язык»). Ираклию II посвящён фундаментальный труд Геронтия Кикодзе, изданный в 1947 г. В честь царя названы площади и улицы в Тбилиси, Телави, Ахмете и Гурджаани. В Телави стоит конная статуя Ираклия II, во дворце находится посвящённый ему музей.