По поручению Ираклия II католикос-патриарх Антоний I собрал и предоставил царю всю документацию (в основном, дарственные грамоты предыдущих царей), касающуюся имущественных прав Мцхетского (Восточногрузинского) католикосата. Ираклий II, «рассмотрев древние гуджары (грамоты) о пожертвованиях, возымел усердие к их возобновлению». Особую заботу царь проявлял о «возвышенном и возвеличенном» грузинскими царями монастыре Бодбе, где почивают мощи просветительницы Грузии равноапостольной Нины. 22 сентября 1746 г. он подписал указ об освобождении бодбийских монастырских крестьян от службы в качестве царских конюхов, поскольку аналогичный гуджар царя Ираклия I «с течением времени был пренебрежён». В 1753 г. Ираклий II подтвердил гуджар царя Кахети и Имерети Арчила II от 25 февраля 1664 г. «О невзыскании с вотчины собора св. Нины (монастыря Бодбе) никаких казённых податей». 24 марта 1758 г. Ираклий II подписал гуджар о передаче монастырю Бодбе налогов, собираемых с бодбийских крестьян в пользу казны. В документе перечислены практически все виды сборов: «...Подать саури..., подать хлебом, сбор продовольствия, штраф с бодбельских крестьян, очередная корова, подать за раздел, бык и марчили за увечье, за пограбленное» и др., кроме «повинности на ополчение и на охоту». 4 марта 1761 г. царь скрепил печатью гуджар «О размере взысканий с Бодбельских крестьян за разные преступления»: часть штрафов и нотариальных сборов также жертвовалась монастырю Бодбе. Ираклий II подтвердил налоговый иммунитет «разрушенного землетрясением св. монастыря Алавердского» (см. Алавердский собор в честь Воздвижения Креста Господня; 12 октября 1756 г.) и монастыря Давидгареджи (10 января 1770 г.). Церкви Ираклий II пожертвовал ценности, принадлежавшие его скончавшейся супруге царице Анне: изделия из жемчуга и драгоценных камней, меха, парадную одежду, столовое серебро, лошадей, драгоценную сбрую, гардероб и др. 29 августа 1756 г. Ираклий II и католикос-патриарх Антоний I подписали грамоту о временном упразднении Кацаретской епархии, поскольку она «ни по количеству паствы и ни по имениям своим не достаточна для содержания отдельного епископа»; её территории вошли в юрисдикцию Руставской и Ниноцминдинской епархий. Указом от 29 марта 1760 г., подписанным царями Теймуразом II и Ираклием II и католикосом-патриархом Восточной Грузии (Мцхетским) Иосифом (Джандиери; 1755–1764 гг.), монастырь Натлисмцемели во имя Иоанна Предтечи в пустыни Гареджи, до этого, как полагают исследователи, входивший в юрисдикцию Бодбийского епископа, был передан в ведение Ниноцминдинского архиерея. По инициативе Ираклия II 20 декабря 1762 г. в патриаршем кафедральном соборе Светицховели в Мцхете был созван церковный Собор, который рассмотрел вопросы внутренней жизни Мцхетского католикосата. Были разработаны и приняты каноны, исполнение которых должно было привести к упорядочению церковной жизни и искоренению нарушений в чинопоследовании совершения богослужений. Епископам было предписано строго соблюдать церковные правила, следить за службой священников, не допускать малограмотных иереев к совершению богослужений, соблюдать в храмах чистоту и порядок, обновлять храмы, церковную утварь и т.д.