В 1788 г. престол восточногрузинского католикоса-патриарха занял сын Ираклия II Антоний II Багратиони (царевич Теймураз). В 1789 г. Ираклий II заключил договор с гянджинским Пат Али-ханом о сферах влияния на Южном Кавказе и о совместной борьбе против иранского правителя Аги Мухаммед-хана. В том же году принял посольство из Имерети, которое возглавили митрополит Кутаисский Досифей (Церетели) и митрополит Гелатский Евфимий (Шервашидзе): обсуждалось воссоединение Имерети и Картли-Кахети. Ираклий II не воспользовался историческим шансом объединения страны, мотивируя свой отказ тем, что он не может лишить своего внука Соломона (сына дочери Ираклий II Елены, племянника Соломона I; впоследствии царь Имерети Соломон II) имеретинского престола. Однако большинство историков видят причину отказа Ираклия II в том, что Западная Грузия входила в сферу влияния Турции, и объединение Грузии могло ухудшить отношения Ираклия II с Портой, что противоречило интересам Российской империи. В 1790 г. Ираклий II вместе с другими правителями грузинских царств и княжеств (царём Соломоном II, мтаваром Одиши (Самегрело) Григолом Дадиани, мтаваром Гурии Симоном Гуриели) подписал «Трактат Иверской земли царей и мтаваров (князей) о единстве». В 1791 и 1792 гг. Ираклий II принял ошибочные решения, которые усложнили внутреннее положение Картли-Кахети и привели к ослаблению царства. В 1791 г. изменил правило наследования (от отца к сыну): престол мог наследовать младший брат царя (от трёх браков Ираклий II имел 16 сыновей и 12 дочерей). Указом от марта 1792 г. Ираклий II разделил царство между сыновьями и выделил им владения, что способствовало возникновению раздробленности, усилению сепаратизма, ухудшению экономического положения страны, развалу местного управления, ослаблению центральной власти и армии. В 1793 г. Ираклию II стало известно о намерении иранского шаха Аги Мухаммед-хана выступить против Грузии, и царь обратился к России с просьбой выслать войска и артиллерию в соответствии с условиями трактата, но ответа не последовало; в январе 1794 г. Ираклий II послал в Санкт-Петербург дипломата Г. Чавчанидзе; в мае 1795 г. обратился к командующему войсками Кавказской линии генералу Ивану Васильевичу Гудовичу. Однако российские власти не предпринимали никаких действий. 4 сентября 1795 г. шах Ага Мухаммед-хан с 35-тысячной армией двинулся на Тбилиси. Численность сводного грузинского войска (в том числе и имеретинских отрядов царя Соломона II) составила 5 тыс. человек. 10 сентября грузины приняли бой под Тбилиси и одержали победу, шах намеревался отвести войска. Однако из-за измены шаху стало известно о численности грузинского войска, и 11 сентября персы перешли в наступление. В сражении на Крцанисском поле у южных ворот Тбилиси грузины потерпели поражение. 75-летнего Ираклия II, сражавшегося наравне с остальными и оказавшегося в окружении, вывез с поля боя его внук, царевич Иоанн. Шах вошёл в город и разорил его.