Начальник Кременецкого округа удалил из монастыря Иоанна Милостивого насельников-униатов, которые отказались принимать православие. Остался лишь один униатский монах, объявивший о принятии православия, но через несколько дней он бежал в империю Габсбургов, забрав с собой часть архива и монастырскую казну. В конце XVIII в. в православие вернулась и приходская Крестовоздвиженская церковь (1705 г.) села Загайцы. Первым в списке православных игуменов монастыря Иоанна Милостивого после окончания униатского периода значится Аркадий (Закревский; 1796–1808 гг.). Затем монастырь Иоанна Милостивого возглавляли выпускники Волынской духовной семинарии Иасон (Ендржеевич), Иероним (Визерский) и с 1814 г. Иерофей (Лобачевский; впоследствии епископ), который совмещал настоятельство в монастыре Иоанна Милостивого, преподавательскую деятельность в Волынской духовной семинарии и должность благочинного мужских монастырей Волынско-Житомирской епархии. Уже после перевода архимандрита Иерофея в 1829 г. в Дерманский монастырь монастырь Иоанна Милостивого выиграл в Сенате земельное дело, начатое в конце XVIII в. против соседнего помещика Каетана Бобра-Пиотровицкого и продолжавшееся после смерти Каетана в 1831 г. против его сына, предводителя дворянства Волынской губернии Теодора Бобра-Пиотровицкого. После смерти Т. Бобра-Пиотровицкого в 1861 г. Загайцы перешли его дочери Людвике Юзефине, которая вышла замуж за графа Маврикия Потоцкого. Её сын Евстахий Потоцкий в конце XIX в. притеснял и грабил монастырь, довёл Загаецкое поместье до разорения и вскоре лишился его. В 1833–1875 гг. настоятелями были, в основном, архимандриты, ректоры Волынской духовной семинарии в Кременце (переведённой в 1902 г. в Житомир), в том числе в 1833–1837 гг. – Флавиан (Тихвинский); в 1837–1847 гг. – Христофор (Эммаусский; впоследствии епископ); в 1848–1852 гг. – Феодосий (Шаповаленко; впоследствии архиепископ); в 1852–1857 гг. – Ефрем (Рязанов); в 1857–1860 гг. – Феофилакт (Губин; впоследствии епископ); в 1861–1875 гг. – Рафаил (Троицкий). Возглавлявший монастырь Иоанна Милостивого в 1901–1904 гг. иеромонах Анатолий (Ключарёв), опираясь на архив монастыря Иоанна Милостивого, в том числе на рукописи «Русская история Загаецкого монастыря» униатского игумена Бонифатия Кревницкого (1773 г.) и «Статистическое описание Загаецкого монастыря» (1845 г.), написал книгу по истории обители. Насельниками обители были многие видные деятели волынских духовных школ, будущие преподаватели Волынской духовной семинарии иеромонахи Нафанаил (Гнидашевский), Макарий (Остальский), Сергий (Павловский), Афанасий (Шиманский), Киприан (Центелович). В 1819–1853 гг. при монастыре Иоанна Милостивого находилось Загаецкое уездное духовное училище для детей духовенства Кременецкого уезда, впоследствии переведённое в Кременец. В 1829 г. на территории обители был похоронен греческий митрополит Даниил Никонисавский, который отправился из Греции в Россию, спасаясь от турецких гонений, но по дороге заболел и скончался в таможенном городе Радзивилове (ныне Радивилов Ровненской области, Украина). По распоряжению архимандрита Иерофея (Лобачевского) останки митрополита Даниила были захоронены в храме Иоанна Милостивого, на паперти с южной стороны.