В 1949 г. уполномоченный Совета по делам РПЦ по Тернопольской области К. Шкуренко выступил с инициативой закрытия монастыря, которую поддержал глава Совета по делам РПЦ при СМ СССР Георгий Григорьевич Карпов. В начале 1950 г. Тернопольский облисполком принял решение передать здание братского корпуса и хозяйственные постройки местному колхозу имени Калинина. Совет по делам РПЦ при СМ СССР поддержал это решение и принял постановление о закрытии монастыря. Насельники были переведены в действующие обители Тернопольской области: Почаевскую лавру, Свято-Духовский лаврский скит и Кременецкий в честь Богоявления монастырь. 12 февраля 1950 г. колхоз имени Калинина принял по акту от настоятеля игумена Феодосия (ум. в 1961 г.) все здания и имущество. В 1952 г. в монастырском корпусе разместилась загаецкая начальная школа (в 1964 г. переведена в новое помещение). В 1960 г. решением исполкома Шумского райсовета скит святителя Иоасафа был уничтожен, сохранились лишь три могилы насельников скита. В 1960 гг. на Монастырской горе была оборудована радиостанция, в двухэтажном братском корпусе открыта школа, в 1975 г. устроен радиомаяк. Иоанновский храм, обращённый в приходский, оставался действующим, игумен Феодосий совершал богослужения по монастырскому уставу. 24 марта 1964 г. решением исполкома Кременецкого районного совета церковь была снята с регистрации и подлежала закрытию, но из-за многочисленных протестов со стороны прихожан это постановление впоследствии было отменено, окончательное решение о снятии с регистрации общины так и не было принято. В начале XXI в. храм во имя Иоанна Милостивого представлял собой однонефную постройку, в плане близкую к квадрату. Храм перекрыт двухскатной кровлей, над его восточной частью помещён барочный щипец, увенчанный крестом. С востока к храму примыкает обширная пятигранная апсида. Фасады храма и апсиды имеют общее оформление: верхний ярус украшен декоративным аркатурным поясом из сдвоенных арочек, в которые вписаны 24 бойницы. С запада к храму примыкает почти равная ему по ширине двухъярусная четвериковая колокольня со следами перестроек, увенчанная невысоким шпилем. Иконостас в стиле барокко, как полагают исследователи, сохранился со времени ремонта храма в 1720 г. По распоряжению архиепископа Тернопольского и Кременецкого Сергия (Генсицкого) с 2002 г. велись работы по восстановлению монастыря Иоанна Милостивого. При Иоанновском храме был открыт скит для монахов из Почаевской лавры. Решением Священного Синода УПЦ от 18 октября 2007 г. обитель получила статус епархиального мужского монастыря, наместником утверждён иеромонах Геронтий (Галий). В 2007 г. началось восстановление скита Иоасафа Белгородского в лесу близ села Загайцы. Главная святыня обители – Загаецкая «Всемилостивейшая» икона Божьей Матери в ночь на 23 января 2006 г. была похищена грабителями. Среди чтимых святынь в монастыре Иоанна Милостивого хранятся икона Иоанна Милостивого с частицей мощей и икона св. Маманта с частицей мощей – дар архиепископа Антония (Храповицкого). В 2007 г. историками Тернопольского областного педагогического университета имени Владимира Гнатюка совместно с сотрудниками Тернопольского областного архива был создан документальный фильм «Загаецкий монастырь».