В 1842 г. монастырь Иоанна Милостивого из заштатного был возведён в третьеклассный с положенным штатом, состоящем из игумена, двух иеромонахов, двух иеродиаконов, пономаря и послушника. Также распоряжением Синода от 20 марта 1842 г. всё «недвижимое населённое имение» (133 мужского и 160 женского пола крестьян) вместе с постройками перешло в ведение казны. За обителью, кроме церкви, келейного корпуса и сада, ничего не осталось. Чтобы поддержать разорявшийся монастырь, 9 октября 1848 г. графиня Анна Алексеевна Орлова-Чесменская завещала обители 5 тыс. руб. серебром. В 1865–1873 гг. к монастырю Иоанна Милостивого был приписан кременецкий Богоявленский монастырь, и именно в нём проживали архимандриты монастыря Иоанна Милостивого. В 1890 гг. были построены деревянный двухэтажный братский корпус, дом для паломников, а также каменная ограда с двумя арками. Часть зданий в 1899–1900 гг. была повреждена пожарами, из-за чего настоятели обители обращались с воззваниями о пожертвованиях. Согласно актам ревизии 1892 г., в библиотеке монастыря хранилось несколько рукописей XVI–XVII вв. (в том числе рукописный сборник «История Загаецкого монастыря», который в 1914 г. генерал-майор Н.М. Путилов вместе с частью архива обители по благословению Волынского и Житомирского архиепископа Антония (Храповицкого) отослал в Киев, и на этом следы рукописи теряются). В конце XIX в. в обители хранилось до 70 томов униатских книг, печатных и рукописных, на польском, латинском и других языках. Также было несколько православных изданий, среди них – Острожская Библия 1581 г. Во время Первой мировой войны небольшая часть книг и документов оказались в архивах и библиотеках Львова, где с ними в 1910–1920 гг. работал украинский историк и публицист Вячеслав Казимирович Липинский, который исследовал историю рода Ярмолинских в контексте украинско-польских отношений. В 1905 г. при настоятеле игумене Пантелеимоне (Рожновском; впоследствии митрополит, глава автономной Белорусской православной церкви), монастырь Иоанна Милостивого был преобразован в общежительный, благодаря чему существенно увеличилось финансирование из средств государственной казны. С 1909 г., при игумене Епифании, ремонтировались все монастырские здания. Игумен Епифаний участвовал в проходившем в Житомире 8–10 января 1911 г. съезде монашествующих Волынско-Житомирской епархии, на котором были приняты меры по проведению в жизнь указа Святейшего Синода «Об упорядочении жизни монашествующих». В 1912 г. по инициативе архиепископа Волынского Антония (Храповицкого) и архимандрита Епифания в монастырском лесу был построен скит во имя Иоасафа Белгородского (небольшой храм, келейные и хозяйственные постройки) для проживания пожилых монахов, в том числе старцев. В скиту был введён строгий устав по подобию уставов афонских обителей. К 1917 г. монастырю Иоанна Милостивого также принадлежали большой монастырский пруд, пасека, поле, ряд подсобных хозяйственных помещений в урочище Дворище. Местные крестьяне захватили монастырские земли, о чём вскоре сообщила газета «Трудовая Волынь» (21 ноября 1917 г.), в декабре того же года владения помещика разграбили крестьяне Кременецкого уезда, мятеж был подавлен; пострадал ли при этом монастырь, исследователям неизвестно.