Одна из реликвий вместе с частицами мощей многих других святых была вложена в устроенный патриархом Никоном в 1656 г. Кийский крест (находился в Кий-Островском Крестном монастыре, затем в Историческом музее, ныне в московском храме Сергия Радонежского в Крапивниках). Мощи Иакова прикрыты серебряной вызолоченной пластиной с его гравированным изображением. Как и другие святые, чьи мощи вложены в крест, Иаков представлен по пояс, прямолично, его руки скрещены на груди. Последняя особенность могла быть продиктована выбором фронтальной позы, что потребовало обращения к более ранним изображениям русских блаженных такой иконографии; ср. шитые покровы Исидора Ростовского (1571–1585 гг., музей «Ростовский кремль») и Василия Блаженного (1589 г., Исторический музей). Однако у исследователей есть основания связывать эту особенность иконографии с видением патриарха Никона, описанным в «Слове о создании монастыря Пресвятые Богородицы Иверския…» (включено в сборник «Рай мысленный»): перед переложением мощей в новую раку патриарх во сне увидел мощи Иакова с благословляющими руками; затем святой «опрятовашеся яко жив, и руки своя складоваше на перси своя по чину». При переложении мощей патриарх Никон действительно «видех святыя руки Иаковли, якоже видех во сне благословящими» и «положив тако, якоже видех во сне по чину на святые его перси». К 1749 г. в новгородском Софийском соборе находился ковчег с частицами мощей Евфимия Новгородского, Моисея Новгородского, мученика Христофора и Иакова; на крышке ковчега были чеканные образы этих святых. Частицы мощей Иакова вложены в напрестольные кресты 1697 г. (без изображений) из новгородского Знаменского собора и конца XVII в. (Новгородский музей). Расширение почитания Иакова в патриаршество Никона и царствование Алексея Михайловича выразилось в появлении отдельного образа святого в ризнице любимого царём Саввина Сторожевского монастыря – образ зафиксирован в описи 1667 г. среди полагавшихся на аналой в дни памяти икон святых («Описи Саввина Сторожевского монастыря XVII в.», М., 1994 г.). Иконы святого могли быть и в московской Патриаршей резиденции, и в Успенском соборе Кремля, где, согласно Чиновнику и «Книге записной облачением и действу... святейшего Никона», праздновалась память Иакова с полиелеем и величанием. Тем не менее, сведения об изображениях Иакова отсутствуют, например, в описи Образной палаты царя Алексея Михайловича, где хранилось огромное количество присылавшихся государю из разных епархий и монастырей подносных икон русских святых. По мнению исследователей, доступные источники не содержат известий о том, что иконы Иакова находились в других монастырях, основанных патриархом Никоном, – Кий-Островском Крестном и Новоиерусалимском Воскресенском, а также в патриарших палатах Московского Кремля (исследователи не исключают, что Иаков изображался среди избранных святых, которые не всегда учитывались в описях). В дальнейшем изображения Иакова создавались, прежде всего, для двух монастырей Новгородской епархии, где особо чтилась его память.