До 1830 гг. церковь окружала паперть на аркадах. К 1846 г. уклон колокольни от отвесной линии к северо-западу достиг двух аршин (1,4 м). В 1847 г. были заделаны лестничные проходы (весь второй оборот лестницы) и отверстие для часовых гирь, трещины в стенах пробраны кирпичом. В 1849 г. нижняя часть колокольни была обвязана железом. Осадка больше не наблюдалась. В 1852 г. монастырь посетил архитектор Константин Андреевич Тон, который осмотрел по благословению Московского митрополита Филарета (Дроздова) накренившуюся колокольню. 19 ноября 1941 г. при отступлении советских войск колокольня была взорвана. Сохранился первый ярус с остатками сомкнутого свода и внутристенной лестницей. Полностью уцелели шесть граней и по половине двух граней северо-западного угла. Фасады обработаны широкими угловыми лопатками, ограниченными полувалом. В трёх восточных и в северо-западной гранях есть оконные проёмы, обращённые широкими откосами внутрь и железными решётками наружу. У южной грани внутри колокольни расположена дверь для входа на первый ярус и на внутристенную лестницу. Церковь в честь Богоявления с трапезной палатой была заложена 9 мая 1506 г. и построена к 1510 г. (Российская национальная библиотека) на средства князя Семёна Ивановича Бельского и окольничего Бориса Васильевича Кутузова. Основные помещения (церковь, трапезный зал, келарская) располагались в верхнем ярусе, подклет занимали хозяйственные помещения. Безапсидный храм, расположенный в северо-восточном углу здания, первоначально был ориентирован на север (с заметным смещением к востоку), имел позакомарное покрытие и главу. Древний трапезный зал представлял собой почти квадратную в плане одностолпную палату (13х14 м), перекрытую крестовыми сводами. Сохранились раздаточное окно и нижняя часть входа в келарскую, заложенного при расширении трапезной и переделке сводов. Фасадные окна имели перспективные обрамления в виде прямоугольных уступов, одно из них сохранилось на восточном фасаде; на северном фасаде и восточной стене келарской такие окна восстановлены в 1968 г. Около середины XVI в. трапезная была перестроена на средства архиепископа Новгородского Феодосия (в 1551–1563 гг. он проживал на покое в Иосифовом Волоколамском монастыре). Она была расширена к западу и югу (её новый размер – 22х20 м) и перекрыта вспарушенными крестовыми сводами, опирающимися на центральный столп. Окна с гладкими откосами были выложены на южном и западном фасадах. В подклете было устроено шесть дополнительных помещений. Вход в подклет храма – с северной стороны, в подклет трапезной – с южной и западной. В 1682 г. верх церкви Богоявления был переделан в соответствии с формами завершения надвратной церкви: получил пятиглавие на двухъярусной горке кокошников. Одновременно были расширены окна, обрамлённые богатыми наличниками, сделаны «пяличные связи» через центральный столп, с севера устроено крыльцо.